Le Conseil des Etats a approuvé, à l'unanimité, la nouvelle loi sur les EPF. S'il a modifié le projet initial du gouvernement, l'esprit voulu par ce dernier — une structure forte, une définition claire des compétences — a subsisté. La Société Université et Recherche a vu sa demande d'autonomie financière totale des deux écoles écartée par la commission de la petite chambre. Consciente de la très forte opposition venant notamment de l'UNES (Union nationale des étudiants de Suisse), elle a par contre accordé un droit de requête à l'Assemblée du domaine des EPF — seul organe où sont représentés les étudiants — et modifié les voies de recours en vue d'assurer une sécurité de droit plus forte des élèves. Ces deux ajouts ont été entérinés par le plenum du Conseil. Néanmoins, toutes les propositions alternatives du sénateur Onken (ps, TG) visant à élargir le droit de participation des étudiants aux décisions ont été rejetées par la chambre des cantons. Elle a également refusé, contre l'avis de sa commission et du gouvernement, que la loi mentionne les dérogations possibles à l'orthodoxie financière de la Confédération. Par contre, elle a accepté un nouvel article définissant les buts généraux des EPF, bien que plusieurs conseillers aux Etats romands l'aient jugé totalement incompréhensible dans sa version française [38].

D'entrée de causé, la commission de la science et de la recherche du Conseil national a adopté une position plus tranchée. Pour elle, les buts définis par le message du gouvernement à propos de la loi sur les EPF éveillent des espoirs qui ne sont pas atteints par le projet proposé. C'est pour-quoi, après être néanmoins entrée en matière, elle a décidé de renoncer à l'échelon de direction dans le domaine des EPF, de décentraliser les compétences et de prévoir un poste à plein temps pour le président du Conseil des EPF. Elle s'est également prononcée en faveur d'un droit concret et effectif de participation des différentes catégories de personnel des deux écoles [39].

Les Chambres fédérales ont approuvé, à l'unanimité, les projets de construction des EPF et débloqué, à ce titre, 248 millions de francs. Initialement, le gouvernement avait sollicité plus de 300 millions de francs. La différence provient du renoncement provisoire, tant par le Conseil fédéral que par l'EPFL, à un parking situé sur le nouveau site de l'école polytechnique de Lausanne. La commission de la science du Conseil national, à qui le projet a été renvoyé, a demandé — par le biais d'un postulat, par ailleurs transmis — que l'on examine les possibilités d'amélioration de la desserte de l'EPFL par les transports publics [40].

Quoi qu'il en soit, ces crédits serviront, à Lausanne, à la poursuite du transfert de l'EPFL (4e phase de la 2e étape) à Ecublens (VD) et à la rénovation de son centre sportif de Dorigny. A Zurich, ils permettront la construction d'un nouveau bâtiment pour les instituts oeuvrant dans les domaines de la mécanique ainsi que l'aménagement de l'édifice d'agronomie ouest. De surcroît, 4,2 millions de francs ont été attribués au laboratoire fédéral d'essai des matériaux et de recherche (EMPA) chargé de l'application des nouvelles prescriptions sur les gaz d'échappement des moteurs diesel. Enfin, près de 11 millions de francs ont été octroyés à l'Institut fédéral de recherches forestières (IFRF) afin que celui-ci puisse faire face à ses nombreux devoirs issus du problème du dépérissement des forêts [41].