Le programme d'armement 1990, s'élevant à un peu plus de 1,4 milliards de francs, comprend l'achat de 300 000 nouveaux fusils d'assaut (1,076 milliards), de 300 000 paires de bottes de combat (66 millions) ainsi qu'un crédit additionnel de 265 millions de francs pour le renchérissement survenu dans l'acquisition des chars 87 Leopard [41]. Bien qu'adopté à l'unanimité par le Conseil des Etats, il n'était toujours pas, à fin 1990, définitivement accepté [42]. Les tergiversations gouvernementales liées à l'inclusion ou non, dans ce plan, des crédits afférents au nouvel avion de combat retardèrent l'ensemble de la procédure. Après que le Conseil fédéral eut finalement décidé de les en exclure afin de pouvoir présenter aux Chambres, auparavant, le rapport 1990 sur la politique de sécurité, la commission des affaires militaires du Conseil national ajourna la décision sur le programme d'armement. Les conditions peu claires de livraison des fusils d'assaut (clauses d'interruption de la livraison) décelées par le conseiller national Bodenmann (ps, VS) motivèrent ce renvoi [43].

En mars 1988, un premier nombre de 40 nouveaux avions de combat était articulé dans les sphères fédérales. En octobre de la même année, le Conseil fédéral fixa ce chiffre à 34 appareils et porta son choix sur le F/A-18 Hornet américain. En janvier 1990, K. Villiger et, avec lui, le gouvernement, accepta d'envisager une solution alternative résidant en l'achat de 24 aéronefs avec une option sur dix engins supplémentaires [44].

Ces altérations successives de la décision s'expliquent par les critiques croissantes envers cette acquisition, visant le coût financier, les qualités techniques du F-18 et son adéquation avec les objectifs de la défense suisse [45]. Si, initialement, c'était surtout le parti socialiste qui s'opposait à cette opération, demandant que le dossier d'évaluation soit rendu public, il a, depuis lors, été rejoint par le parti écologiste et certains partis bourgeois. Ainsi, les démocrates-chrétiens et ceux du centre, s'ils demeurent fondamentalement favorables à l'achat d'un nouvel avion de combat, souhaitent une réflexion plus approfondie, voire le renvoi d'une ou deux années de la décision, ainsi que la réévaluation du F-16. Les radicaux, bien que soutenant leur conseiller fédéral, s'inquiètent néanmoins du montant final de la facture [46].

Mais un problème supplémentaire réside dans le missile américain air-air Amraam (Advanced Medium Range Air-to-Air Missile). Berne envisageait de doter le F-18 de ce type d'engin afin de compenser une réduction du nombre des aéronefs, mais l'armée américaine vient d'en interrompre la production en raison de défauts de fabrication [47]. .

Dans ce contexte, la reprise en considération, dans l'évaluation, de l'avion de combat français Mirage 2000 prend une autre signification. Il avait été éliminé de la procédure en 1987, notamment en raison de performances insuffisantes par rapport au cahier des charges. Selon K. Villiger, trois raisons ont plaidé en faveur d'une réévaluation de l'appareil français dans sa version 2000-5 (spécialement étudiée pour la Suisse): ses hautes performances, son nouveau radar et son prix plus avantageux. Certains émettent néanmoins une autre hypothèse quant à ce soudain regain d'intérêt, déplaçant le débat jusqu'alors très technique sur un plan plus politisé. Dans le cadre des difficiles négociations européennes menées actuellement par la Suisse, il ne peut qu'être intéressant d'envisager l'achat d'un avion provenant de cette zone géographique, permettant de surcroît de rallonger d'autant la phase d'évaluation [48]. Celle-ci pourrait être encore modifiée par l'offre faite à la Suisse par l'Union soviétique, désirant soumettre à cette même appréciation son avion de combat Mig29 [49].