Des tentatives de remodelage de la politique agricole proviennent également de deux initiatives populaires. L'une, intitulée "pour une agriculture paysanne compétitive et respecteuse de l'environnement", fut lancée en 1989 par l'USP. Elle a été déposée en 1990 après avoir réussi à récolter 262 435 signatures en cinq mois environ. L'USP a mobilisé toute ses forces dans cette campagne; cette initiative représente le moyen, pour elle, de pouvoir maîtriser quelque peu les processus de restructuration qui se sont engagés dans l'agriculture helvétique. Son texte tente de prendre en compte les demandes qui pèsent sur les paysans en faveur d'un plus grand respect de la nature et des règles du libre-marché, tout en essayant de conserver au maximum les tâches et les protections traditionnelles de l'agriculture. S'il ne ferme pas la porte à des paiements directs, il propose néanmoins que le revenu paysan soit autant que possible assuré par les prix [19]..

L'autre initiative, lancée en juin et intitulée "paysans et consommateurs – pour une agriculture en accord avec la nature", résulte d'un compromis entre les projets du groupe de travail "Pour une nouvelle politique agricole" (NAP, sigle alémanique) et de l'Alliance des Indépendants (AdI). Alors que le premier était principalement axé sur la protection de l'environnement, le second insistait plutôt sur une libéralisation du secteur agricole. La synthèse, soutenue par les partis socialiste, écologique, indépendant et évangélique ainsi que par de nombreuses organisations de protection des consommateurs, des animaux ou de l'environnement, vise à rompre, selon les initiants, la politique actuelle qui assure des prix élevés à la production, entraînant ainsi des excédents nuisibles autant pour l'environnement que pour les lois du marché. Pour cela, la Confédération devrait agir sur les prix, taxer les moyens de production nocifs et ne plus financer les excédents. Elle compenserait ces manques à gagner par des paiements directs devant orienter la production dans un sens écologique [20].