Après le Conseil national en 1989, ce fut au tour du Conseil des Etats de ne pas donner suite à l'initiative cantonale bernoise concernant la perception sur le prix de l'essence de l'impôt cantonal sur les véhicules à moteur. La Confédération serait, selon ce texte, chargée de redistribuer ensuite la recette ainsi obtenue aux cantons, proportionnellement au nombre de véhicules qui y sont immatriculés. La petite chambre a considéré que cela s'opposait au système fédéraliste de souveraineté des cantons et poserait des problèmes avec les pays limitrophes [16].

Pour sa part, la grande chambre a transmis, non sans difficulté, un postulat de sa commission de la santé publique et de l'environnement qui demandait, pour les véhicules à moteur, l'instauration d'une taxe proportionnelle aux kilomètres parcourus afin d'appliquer le principe du pollueur-payeur. Un tel système d'imposition fut très combattu; ses opposants y virent une injustice sociale ainsi qu'un danger pour la Suisse dans ses relations avec les autres pays européens. Ils considérèrent, de plus, qu'il n'y avait pas à revenir sur le sujet, une initiative cantonale zurichoise de même teneur ayant été rejetée par les deux chambres en 1989. F. Cotti prit toutefois fait et cause pour ce texte et permit à ses partisans de l'emporter [17].