Le parlement a adopté le projet du Conseil fédéral d'octroyer des prêts pour les programmes d'aménagement 1988-1995 des aéroports de Bâle-Mulhouse et de Genève-Cointrin. Ces derniers doivent réaliser d'importants travaux, d'un montant de plus de 400 millions de francs pour chacun d'eux, afin d'adapter leurs installations aux nouvelles exigences techniques et faire face à un trafic en constante augmentation. Les subventions à fonds perdus, dont l'aéroport de Zurich-Kloten avait profité, ayant été supprimées pour cause d'économie, des mesures transitoires permettent tout de même à la Confédération de soutenir certains aménagements. Ces prêts doivent se monter à 20% au plus du coût total des travaux et être remboursés sur 25 ans avec un taux d'intérêt annuel de 2%. Cela représente, pour Bâle-Mulhouse, une somme de 78,78 millions de francs et, pour Genève-Cointrin, de 77,86 millions [105].

Dans un premier temps, le Conseil des Etats, ne désirant pas que ces deux aéroports soient trop défavorisés par rapport à Kloten, s'était prononcé, sur proposition de la majorité de sa commission, pour un taux d'intérêt du prêt de 1%. Le Conseil national se rallia par contre à la proposition du gouvernement mais dut surmonter des propositions de non-entrée en matière de la part des écologistes et des indépendants-évangéliques. En deuxième lecture, le Conseil des Etats se rangea à la décision de la grande chambre [106].

En ce qui concerne l'aéroport de Berne-Belp, le Conseil fédéral a demandé au DFTCE l'élaboration d'un projet de message pour l'octroi d'un crédit de 20 millions de francs destinés à la poursuite des travaux d'infrastructure, en particulier en matière de sécurité et en ce qui concerne la flotte aérienne de la Confédération [107].

Par ailleurs, la grande chambre a transmis le postulat Leutenegger Oberholzer (pe, BL) invitant le gouvernement à obtenir la création, pour l'aéroport de Bâle-Mulhouse, d'un organe de contrôle indépendant, regroupant des représentants de tous les milieux concernés, et chargé de contrôler les nuisances (bruit et pollution) du trafic aérien et de faire des recommandations en vue de leur atténuation [108].