En fin d'année, la loi sur la protection des eaux est enfin arrivée au terme de son long processus législatif. Ce texte, devant tenir lieu de contre-projet indirect à l'initiative "pour lâ sauvegarde de nos eaux", a vu, lors de la session d'hiver des Chambres et, auparavant, pendant celle d'été, se créer un consensus autour des trois divergences restantes. Celles-ci concernaient la pollution des eaux par le lisier, les débits minimaux et le "centime du paysage".

Au sujet de la pollution des eaux par l'agriculture, les normes relatives à l'épandage des engrais de ferme sont exposées dans le chapitre concerné (supra, part. I, 4c, Production animale). A propos des débits minimaux, si l'introduction d'exceptions permettant aux cantons ou aux petites entreprises hydro-électriques de descendre au-dessous des minima prescrits, comme le réclamait le Conseil des Etats, fut finalement abandonnée, la grande chambre dut, quant à elle, renoncer à l'inscription du principe de causalité dans la loi [43].

La divergence relative au "centime du paysage" (compensation versée à une commune pour la non-réalisation d'un ouvrage hydro-électrique en raison de la sauvegarde de sites naturels) a également vu l'émergence d'un consensus. En 1989, le Conseil national avait décidé d'indemniser les communes victimes d'un manque à gagner à l'aide d'une taxe de 0,2 centime par kWh à la charge des consommateurs, ce qui aurait pu permettre de créer un fonds d'environ 70 millions de francs par an. Le Conseil des Etats s'était opposé à ce principe mais, par le biais d'une motion déposée par sa commission, avait laissé une porte ouverte aux montants compensatoires. Cela se concrétisa en fin d'année lorsque la petite chambre se prononça pour le versement d'indemnités, puisées dans la Caisse fédérale, aux collectivités victimes d'atteintes à l'utilisation des forces hydrauliques imputables à la protection de la nature. La grande chambre se rangea finalement à cette version malgré sa différence dans le mode de financement [44].

Suite à un postulat de H. Hubacher (ps, BS) transmis par le Conseil national en 1988 et demandant au gouvernement l'établissement d'un rapport sur l'état de l'eau potable en Suisse et les mesures nécessaires à mettre en oeuvre, l'OFEFP a publié, en début d'année, un document intermédiaire sur l'exploitation des données collectées jusqu'ici. Il en ressort que, même si la qualité de l'eau est globalement satisfaisante, des atteintes dues aux nitrates, provenant en grande partie de l'agriculture, sont à remarquer. Concernant d'autres substances, des examens plus approfondis sont encore nécessaires pour dresser un bilan précis [45].

La Suisse a participé à la troisième Conférence internationale sur la protection de la mer du Nord. Des décisions furent prises afin de concrétiser certaines mesures, telles la réduction drastique d'apports de certains polluants, la cessation des déversements de déchets industriels d'ici 1992 et des boues d'épuration d'ici 1998 ou l'arrêt total de l'incinération des déchets en mer du Nord avant la fin de 1991 [46].