En 1989, la Ligue suisse pour la protection de la nature et le WWF avaient exigé du gouvernement des mesures immédiates sous forme d'arrêté fédéral urgent (AFU) en faveur de la sauvegarde des marais. En début d'année, le Conseil fédéral consultait les cantons sur l'opportunité d'une législation d'urgence [61]. Cela provoqua certaines protestations, notamment de la part de J. Cavadini (pl, NE) qui, par le biais d'une interpellation, fustigea l'attitude du gouvernement au sujet du délai trop court de la procédure de consultation, du fait que celle-ci était organisée avant même que des motions réclamant un AFU ne soient débattues au parlement, et parce que les résultats des consultations sur les inventaires des zones à protéger restaient inconnus [62] . Peu après, la petite chambre transmettait comme postulat la motion Huber (pdc, AG) demandant, de la part du gouvernement, l'établissement d'un AFU comprenant un inventaire des zones humides méritant protection, et l'obligation faite aux cantons de prendre immédiatement des mesures en vue de la conservation de ces biotopes. F. Cotti répéta, à cette occasion, sa détermination à prendre des mesures urgentes en cas de nécessité [63] .

Au terme de la consultation, le Conseil fédéral renonça à l'utilisation d'un AFU pour la protection des marais et des sites marécageux. Un bon nombre de cantons s'opposa en effet à l'élaboration d'un tel instrument; ils ont estimé être juridiquement en mesure de garantir la protection des zones humides, même sans disposer d'inventaires fédéraux contraignants. Il est apparu que le principal problème résidait dans l'application des dispositions en vigueur, les cantons souffrant d'un manque d'argent et de personnel pour assurer leur tâche. Le gouvernement, en conséquence, s'est contenté de leur accorder un crédit complémentaire de trois millions de francs pour l'année 1990 [64] .

Le projet de révision de la loi sur la protection de la nature et du paysage, mis en consultation en 1989, a reçu un accueil favorable de la part des cantons, même si certains se sont opposés à des mesures prévoyant une participation financière relativement élevée de leur part pour la protection des biotopes. Globalement, ce texte vise à définir les sites marécageux d'importance nationale afin de permettre à la Confédération, de concert avec les cantons, de les préserver. Celle-ci entend donc non seulement fournir un appui financier, mais aussi assurer une application uniforme de la loi par une bonne coordination des mesures prises. Elle désire, d'autre part, se donner les moyens de promouvoir la conservation des monuments [65] .

La Suisse a participé, à Montreux, à la 4ème Conférence des parties contractantes à la Convention de Ramsar sur les zones humides. Ce traité, ratifié par 57 pays, vise à protéger près de 500 zones humides. En effet, ces dernières revêtent une importance internationale, notamment en raison du fait qu'elles constituent des refuges pour de nombreux oiseaux migrateurs. Lors de cette conférence, là Suisse a fait procéder à l'inscription de six nouvelles zones humides à la liste de Ramsar [66] . Les cantons concernés, bien que protégeant déjà ces sites, ont donné leur aval à une garantie internationale. Il a d'autre part été créé un fonds international, alimenté par des contributions volontaires, pour la conservation des zones humides [67] .