Suite à l'intervention des troupes soviétiques dans les républiques baltes, le DFAE a exprimé ses vives inquiétudes sur la tournure prise par les événements auprès des représentants soviétiques en Suisse et a annoncé que l'utilisation de la violence par les troupes soviétiques auraient des conséquences négatives sur les relations diplomatiques entre la Suisse et l'URSS. Il a ensuite demandé de plus amples informations aux autorités soviétiques, comme le prévoit le' premier stade du mécanisme d'intervention des accords de la CSCE. Dans leur réponse, celles-ci ont indiqué leur intention de respecter les droits de l'homme et les libertés fondamentales. Plusieurs parlementaires ont condamné ouvertement l'intervention des troupes dans les pays baltes en signalant qu'elle était contraire à la charte de la CSCE que l'URSS venait pourtant de signer; ils se sont aussi demandés si l'aide suisse à l'URSS ne devrait pas être remise en question. Bien que le Conseil fédéral ait affirmé en janvier qu'une reconnaissance de la Lituanie était prématurée, la question a tout de même été discutée au sein du DFAE [99].

En août, le conseil fédéral a fermement condamné le coup d'Etat survenu en Union soviétique contre le président Gorbatchev. Le chef du DFAE a précisé à cette occasion qu'il serait souhaitable de recourir au mécanisme prévu par la CSCE [100]. Peu de temps après la tentative de coup d'Etat manquée, le Conseil fédéral s'est décidé, en même temps que la plupart des Etats de la communauté internationale, à reconnaître officiellement l'indépendance des trois républiques baltes, la Lituanie, la Lettonie et l'Estonie [101].

A la fin de l'année, le Conseil fédéral a reconnu les douze anciennes républiques de l'Union soviétique; il a estimé que les conditions d'une reconnaissance officielle étaient réunies. Seule la Géorgie ne l'a pas été, en raison de sa situation politique. La Suisse a été le premier pays à faire ce geste vis-à-vis des ex-républiques de l'URSS [102].

A la fin du mois de juin, la Suisse a condamné une première fois toute utilisation de la violence en Yougoslavie. A cette occasion, le DFAE a déclaré qu'il soutiendrait toutes les initiatives, dans le cadre de la CSCE, visant à atténuer la crise. Face à l'évolution des événements durant l'été, le Conseil fédéral a ensuite fermement condamné l'action de l'armée fédérale en collaboration avec des troupes serbes sur le territoire croate et s'est associé aux sanctions prises par la CE à l'égard de la Yougoslavie. Les autorités helvétiques sont revenues sur leur intention de négocier un accord de libre-échange avec la Yougoslavie et ont résilié la participation de la Suisse au fonds de l'AELE en faveur de ce pays. Les propos très sévères du chef du DFAE à l'encontre des serbes ont fait réagir très vivement l'ambassade de Yougoslavie à Berne qui a déclaré que la crédibilité de la neutralité helvétique était mise en cause. La Suisse a par ailleurs offert à plusieurs reprises ses bons offices dans la recherche de la paix [103].

Malgré les pressions des représentants slovènes et croates, la Suisse, comme le reste de la communauté internationale, n'avait pas encore officiellement reconnu à la fin de l'année l'indépendance de la Slovénie et de la Croatie. Le Conseil fédéral a déclaré que la Suisse ne les. reconnaîtrait que dans le cadre d'une démarche commune d'un groupe significatif d'Etats; il a considéré qu'une démarche isolée ne serait pas utile et qu'une reconnaissance prématurée d'une des parties en présence risquerait d'exacerber le conflit [104].