Le Conseil fédéral s'est montré tout à fait opposé à l'initiative populaire "40 places d'armes, ça suffit! L'armée doit aussi se soumettre à la législation sur la protection de l'environnement" et en a demandé le rejet, estimant qu'il n'aurait, sans cela, plus le moyen d'assumer les tâches qui lui incombent. Il a précisé, dans son message, que si l'armée n'envisage pas aujourd'hui de construire de nouvelles places d'armes ou de nouveaux aérodromes, il n'en allait pas de même pour les places d'exercice ou de tir. Or, si ce texte était accepté et que des besoins supplémentaires en instruction se faisaient sentir, ou si certaines places devaient être abandonnées, l'armée devrait utiliser plus de terrains non militaires et occasionnerait des charges supplémentaires pour les places d'armes actuelles. Le second argument majeur du gouvernement concerne la disposition de l'initiative stipulant que les installations militaires doivent être soumises au même régime que les installations civiles et qu'elles doivent être régies par les législations fédérales et cantonales sur la protection de l'environnement, l'aménagement du territoire et la police des constructions. Or, les domaines où la Confédération est chargée d'exécuter des tâches d'intérêt national, tels les chemins de fer, les routes nationales ou l'aviation civile, ne sont soumis qu'à des prescriptions fédérales. L'initiative créerait donc une inégalité de traitement. De plus, elle rendrait impossible la sauvegarde du secret en matière militaire et créerait de trop longues procédures juridiques aux niveaux cantonal et communal. Concernant le cas de Neuchlen-Anschwilen (SG), le Conseil fédéral précise que, d'une part, il ne constitue pas une place d'armes supplémentaire mais remplace seulement la caserne de Saint-Gall et que, d'autre part, le projet est compatible avec les exigences de la protection de la nature [55].

Les travaux pour la place d'armes de Neuchlen-Anschwilen (SG) ont repris, après une année de pause, au mois de septembre [56]. Les opposants, qui avaient exigé d'attendre le résultat de la votation sur l'initiative pour que quelque chose soit entrepris, ont entamé une campagne pour s'opposer à leur reprise. Divers incidents eurent lieu ainsi qu'une grande manifestation [57]. C'est pourquoi, dans le cadre du premier supplément au budget 1991, le parlement, malgré l'opposition des socialistes, a accordé au DMF les 3,9 millions de francs qu'il demandait pour protéger la place d'armes (pose d'une clôture et surveillance du chantier par Securitas) afin de permettre de poursuivre les travaux [58]. En fin d'année, l'Assemblée générale du groupe d'opposition pacifique à Neuchlen-Anschwilen (Gons) a décidé de cesser ses visites quotidiennes sur le chantier. Certaines mesures de protection ont ainsi été levées [59].