Les déchets nucléaires constituent un des problèmes les plus épineux de la politique énergétique. En ce qui concerne le stockage des déchets faiblement et moyennement radioactifs, quatre sites, Oberbauenstock (Uri), Ollon (VD), Piz Pian Grand (GR) et Wellenberg (NW) sont encore envisagés pour y construire un dépôt final. Suite aux oppositions de la commune d'Ollon et du CADO (comité anti-déchets Ollon), les travaux de forage de la CEDRA (Coopérative pour l'entreposage des déchets radioactifs) ont pris beaucoup de retard. Afin de conserver une certaine simultanéité des recherches sur les quatre sites, la CEDRA avait suspendu ses travaux à Oberbauenstock, Piz Pian Grand et Wellenberg jusqu'à ce que le retard soit comblé. Afin d'y parvenir, le Conseil fédéral, saisi par la CEDRA en décembre 1990, a autorisé au printemps cette dernière à entamer des procédures d'expropriation sur les communes d'Ollon et d'Aigle, pour mener à terme ses travaux de sondage. Par ailleurs, le Conseil fédéral avait mis en consultation un "protocole d'accord" dans les quatre cantons concernés. En acceptant ce document, les cantons s'engageraient à permettre la réalisation des travaux autorisés par le Conseil fédéral sur leur territoire. Toutefois, l'écho est resté négatif dans les cantons d'Uri et des Grisons, tandis que Nidwald prévoit de faire voter ses citoyens [19].

A côté de ces procédures, l'Agneb (groupe de travail de la Confédération pour la gestion des déchets nucléaires) a publié son rapport annuel, dans lequel il s'oppose à la poursuite des forages dans les quatre sites envisagés et propose, pour des raisons financières et de temps, de concentrer les efforts sur un seul endroit [20].

Pour ce qui touche les déchets hautement radioactifs, plusieurs options au nord-est de la Suisse, dans les cantons de Zurich, Argovie, Schaffhouse et de Thurgovie sont à l'étude, mais les recherches ne sont qu'à leur début. Face aux importants retards dans la construction des dépôts, la CEDRA a fixé un calendrier précis: la construction d'un entrepôt définitif pour les déchets faiblement et moyennement radioactifs devra avoir commencé avant la fin du siècle et le lieu de l'entreposage définitif des déchets hautement radioactifs devra être trouvé avant l'an 2000 [21].

Pour faire face au retour prochain (vers le milieu des années 90) des déchets radioactifs des centrales suisses traités à l'étranger, et étant donné les retards des travaux de la CEDRA, les propriétaires des différentes centrales, réunis au sein de la société ZWILAG (Zwischenlager Würenlingen AG), avaient décidé, en 1988, de faire construire un dépôt intermédiaire pour les déchets hautement et moyennement radioactifs à longue durée de vie à l'institut Paul Scherrer sur la commune de Würenlingen (AG). Au cours de l'année 1991, le Conseil fédéral a procédé à la consultation des cantons au sujet de ce dépôt. La grande majorité d'entre eux s'est prononcée favorablement. La durée de fonctionnement du dépôt est prévue entre 40 et 60 ans; durant ce laps de temps la construction des dépôts définitifs sera terminée [22]. Par ailleurs, le Conseil fédéral a autorisé les forces motrices du nord-est de la Suisse (NOK) à construire et mettre en service un dépôt intermédiaire pour déchets faiblement, moyennement et fortement radioactifs sur l'aire de la centrale de Beznau, qui devrait entrer en fonction dans un ou deux ans [23].

Au niveau fédéral, une motion Fischer (prd, AG), cosignée par 69 députés des partis bourgeois, demandant une révision partielle de la législation sur l'énergie nucléaire afin de faciliter les procédures d'autorisation pour la création de dépôts pour déchets radioactifs, a été adoptée par le Conseil national [24].