Les comptes des CFF pour l'année 1991 montrent que le projet du budget 1991 d'équilibrer les comptes ne s'est pas réalisé. La régie a enregistré en effet un déficit de 28,6 millions de francs, le total des produits étant de 5,882 milliards de francs (+9,6% par rapport à 1990) et celui des dépenses de 5,911 milliards (+ 10,2%). Le renchérissement et la hausse des taux d'intérêt, mais surtout les frais de personnel (3,277 milliards) ont rendu impossible un bilan sain. La participation de la Confédération s'est notablement accrue puisqu'elle s'est montée à 1,872 milliards de francs (+10%). Les contributions d'infrastructure des CFF sont, par contre, en légère augmentation (45 millions contre 37 en 1990). Tandis que de bons résultats étaient enregistrés dans le domaine du transport de personnes (plus de 275 millions de personnes transportées), celui du trafic de marchandises était en léger recul [65].

Le Conseil national a transmis comme postulat une motion du Conseil des Etats concernant la compétence du parlement au sujet des investissements des CFF. Actuellement, les Chambres ne peuvent que se prononcer sur l'ensemble du budget annuel des CFF et prendre acte du plan d'investissements à moyen terme. Or, les sénateurs désirent avoir également un droit de regard sur le budget des investissements, le plan des investissements à moyen terme ainsi que les crédits d'engagement concernant de grands projets d'infrastructure [66].

Contrairement aux années précédentes, où les CFF ont réussi à équilibrer leurs comptes, il est prévu, dans le budget 1992, un déficit de 107 millions de francs; tandis que le total des produits devrait se monter à 6229,3 millions, celui des charges devrait être de 6336,3 millions. De plus, le taux de couverture des charges passera probablement au-dessous de 80%. La hausse des dépenses est notamment due aux frais de personnel qui s'accroîtront probablement de 11,9%. Les relèvements tarifaires prévus ainsi qu'une augmentation de 239 millions de francs des prestations fédérales ne suffiront donc pas à compenser l'alourdissement important des charges de la régie. En outre, pour la première fois sous le régime du mandat de 1987, la régie ne pourra pas verser de contributions pour l'infrastructure. Pour sa part, le Conseil fédéral s'est refusé à dépasser la barre fatidique des deux milliards de francs pour sa participation, et a même décidé de diminuer la somme budgétisée par les CFF de 48 millions, ce qui la porterait à 1990 millions, soit une augmentation de 10,6% par rapport au budget 1991. Il a demandé, de surcroît, que le déficit prévu soit résorbé. Si le parlement a adopté ce budget, de nombreuses voix se sont élevées contre cette croissance continue des dépenses. Les plus virulents furent les automobilistes et les libéraux, qui ont notamment proposé que les CFF ferment des lignes non rentables sans se préoccuper des intérêts régionaux. A cette occasion, A. Ogi a déclaré qu'une décision politique s'imposait face au problème de la prise en charge croissante des CFF par la Confédération et qu'il fallait définir combien la collectivité était prête à payer [67].

Le Conseil national, par le biais d'un postulat de sa commission, a invité le gouvernement à présenter, dans un plan à moyen terme des CFF pour les années 1993-1997, un taux de couverture des coûts nets constants [68].

Après avoir déjà augmenté massivement leurs prix en 1991, les CFF ont annoncé une nouvelle hausse, de l'ordre de 9,8% (7% pour la deuxième classe) en moyenne des tarifs dès le ler mai 1992, destinée principalement à compenser l'inflation. Pour sa part, l'abonnement demi-prix passera de 110 à 125 francs (+13,6%). Lors de la discussion sur le budget 1992 de la Confédération, les Chambres, sur proposition du gouvernement, ont en effet décidé de supprimer cette aide pour 1992. Cela a soulevé les protestations de toutes les entreprises de transport public, des syndicats de cheminots ainsi que de l'AST. Selon elles, cet abonnement, vendu à deux millions d'exemplaires depuis sa naissance en 1986, est devenu un élément central de la politique des transports en Suisse. Quant aux abonnements généraux, ils augmenteront de 6,5% pour la deuxième classe et de 14,5% pour la première classe. Ces hausses ont engendré les protestations de la Fondation pour la protection des consommateurs, cependant que "Monsieur prix", après examen, a autorisé leur entrée en vigueur [69].

La direction de la régie a présenté un "Livre blanc sur l'avenir des CFF", qui consiste en un appel aux autorités politiques pour qu'une politique cohérente soit élaborée en matière de chemins de fer. Les CFF désirent en effet sortir de la contradiction dans laquelle ils se trouvent: d'une part, il leur est demandé sans cesse de meilleures prestations et les projets ferroviaires fusent de partout et, d'autre part, des mesures d'économies sont exigées [70].