Les négociations menées par la Suisse avec la CE sur l'EEE ou le transit alpin ont provoqué beaucoup d'inquiétudes pour Swissair. En effet, la CE avait lié l'inclusion de la Suisse dans le système aérien européen libéralisé à la réussite d'un traité sur le transit. Swissair a ainsi pressé le gouvernement de parvenir à un accord sur ces deux dossiers, afin de pouvoir éviter de souffrir de discriminations dans le système de concurrence qui se met en place. L'aboutissement des négociations a réjoui Swissair, qui a entendu soutenir une adhésion de la Suisse à la CE [93].

Face à cette concurrence accrue, Swissair, Austrian Airlines et Scandinavian Airlines ont décidé d'intensifier leur coopération afin de réduire les frais et améliorer la pénétration sur les marchés, mais elles ont exclu l'idée de fusion à court terme [94].