Tirant sa compétence de la disposition constitutionnelle provenant de l'initiative Rothenthurm et de la LPN, le Conseil fédéral a édicté ou mis en consultation plusieurs textes visant la protection des marais. En premier lieu, il a adopté l'ordonnance sur la protection des hauts-marais d'importance nationale, contenant une liste de 514 sites pour une surface totale de 15 km2. Ces biotopes sont principalement situés dans le nord des Alpes et le Jura romand. Ce texte est entré en vigueur le 1er février [60].

Ensuite, le gouvernement a mis en consultation l'ordonnance sur la protection des bas marais d'importance nationale, qui devrait ainsi entrer en vigueur au début de 1992. Celle-ci peut mettre sous sévère protection ce type de biotopes, de la même manière que cela a été fait avec les hauts-marais. Ce texte comporte un inventaire résultant d'un travail de cinq années, et recensant près de 3300 marais pour une surface totale de 243 km2. En leur sein, les biotopes d'importance nationale sont au nombre de 1084 pour une surface de 185 km2, et les plus significatifs se trouvent dans les cantons de Berne, Lucerne et Schwytz. Certains cantons ont estimé que l'inventaire était trop important et que l'étendue des surfaces à protéger pouvait mettre en danger l'agriculture et le développement économique en général [61].

Enfin, le Conseil fédéral a également mis en consultation l'ordonnance sur la protection des sites marécageux d'une beauté particulière et d'importance nationale. Elle concerne 91 sites sur les 329 étudiés, qui forment une superficie de 926 km2. Les cantons seront chargés de la mise en oeuvre de ce texte, la Confédération prenant en charge une partie du financement. Ce texte entend conserver et entretenir ces biotopes en sauvegardant notamment la faune et la flore spécifique à ces lieux, et en garantissant qu'ils restent reliés à leur environnement. Il vise aussi à éloigner les menaces que les activités humaines peuvent faire peser sur eux et à rétablir la situation lorsque le marais a été endommagé par une installation ou une construction [62].