Dans le cadre du second train de mesures pour une nouvelle répartition des tâches entre la Confédération et les cantons, les deux Chambres, après avoir réglé plusieurs divergences, ont adopté une révision totale de la loi fédérale sur l'aide aux universités. Celle-ci a pour objectif principal d'améliorer la coordination entre les universités suisses et la coopération avec celles de l'étranger sans modifier les compétences respectives des cantons et de la Confédération. Une autre innovation notable consiste en l'attribution de subventions fédérales pour la construction de logements estudiantins; ainsi, le montant de celles-ci pourra s'élever jusqu'à 60% du budget prévu et pourra être versé aussi bien à des cantons non-universitaires, des institutions d'utilité publique qu'à des particuliers. Le Conseil des Etats, qui s'était opposé à de telles mesures en 1989, s'est finalement rallié à la proposition du Conseil national. D'autre part, la loi introduit la possibilité d'accorder des subventions extraordinaires aux universités pour donner des impulsions à des projets d'importance nationale [29].

Lors d'un entretien avec F. Cotti, les responsables des départements de l'instruction publique des cantons universitaires lui ont remis un mémorandum dans lequel ils critiquent le faible soutien financier de la Confédération pour les universités. Les subventions fédérales ne couvrent que 16% des frais d'exploitation, ce qui est loin des 25% prévus [30].

Afin de maîtriser l'augmentation constante du nombre d'étudiants et de fournir un enseignement de qualité en rapport avec les exigences croissantes des formations universitaires, le Conseil fédéral a sollicité l'ouverture d'un crédit de 2297 millions de francs en faveur des universités pour la période de subventionnement 1992-95, ce qui constitue une majoration de 44% par rapport au crédit-cadre de la période précédente. Ce montant comprend 1793 millions pour les subventions de base, destinées à l'exploitation des universités et 400 millions pour les investissements universitaires, dont 92 millions sont prévus pour la construction de foyers pour étudiants et environ 130 millions pour l'encouragement de la relève universitaire. Les cinq arrêtés fédéraux consacrés à cette aide aux universités ont été adoptés à une large majorité par les Chambres.

Comme le demandait le conseiller national Auer (prd, BL), dans une motion transmise comme postulat, le Conseil fédéral a l'intention de consentir des efforts particuliers en faveur de la relève universitaire en raison du départ à la retraite, d'une ampleur sans précédent, de 600 à 800 professeurs d'ici à l'an 2000. Les 130 millions prévus à cet égard seront consacrés à la prise en charge de salaires d'assistants pour les inciter à progresser dans leur carrière universitaire. De plus, afin de réduire la sous-représentation des femmes aux niveaux les plus élevés de la hiérarchie académique, un tiers des postes à repourvoir devront leur être réservés. Au Conseil des Etats, la majorité de la commission avait proposé une formulation moins contraignante en ce qui concerne la promotion des femmes, mais les sénateurs se sont finalement ralliés par 18 voix contre 16 à la proposition du Conseil fédéral.

Suite à une proposition Bühler (prd, LU), la faculté de théologie de Lucerne, qui offre un cursus universitaire complet, a été incluse parmi les universités pouvant bénéficier de subventions extraordinaires. Par ailleurs, la proposition d'une minorité de la commission du Conseil national demandant aux représentants des universités de développer une conception globale de coordination en collaboration avec la Confédération a été rejetée par la chambre basse [31].