Bei der Gesamterneuerungswahl der fünfköpfigen Aargauer Regierung, welche seit 1988 nicht mehr im selben Jahr wie die Parlamentswahlen stattfindet, kämpften sieben Kandidaten und eine Kandidatin um die Wählergunst. Die frei werdenden Sitze der zwei zurücktretenden Regierungsräte, Rickenbach (fdp) und Schmid (sp), liessen eine Konkurrenzsituation innerhalb der bürgerlichen Parteien entstehen, da die SVP einen zweiten Sitz forderte. Ausserdem stellte die Auto-Partei, welche über 13,2% Wähleranteil verfügt, National- und Grossrat Moser als Kampfkandidat gegen den sozialdemokratischen Bewerber auf, der den seit 1985 einzig verbliebenenen Sitz seiner Partei verteidigte. Im ersten Wahlgang schafften die drei Bisherigen Wertli (cvp), Siegrist (svp), Pfisterer (fdp) sowie Nationalrat Silvio Bircher (sp), Nachfolger für den bisherigen Erziehungsdirektor Schmid, das absolute Mehr. Die hohe Stimmbeteiligung von 59,9% war unter anderem darauf zurückzuführen, dass die Wahlen gleichzeitig mit der Abstimmung über den Beitritt zum EWR stattfanden. Im zweiten Wahlgang gelang es der freisinnigen Kandidatin Stéphanie Mörikofer, den zweiten Sitz der FDP gegen die Bewerber der SVP und EVP sowie gegen den wild kandididierenden und von der Auto-Partei unterstützten Luzi Stamm (fdp) zu verteidigen. Die als erste Frau in die Aargauer Regierung gewählte Kandidatin distanzierte ihren Herausforderer aus der SVP mit über 14 000 Stimmen klar. Wie üblich in zweiten Wahlgängen fiel die Stimmbeteiligung mit 22% sehr gering aus [14].