Le Conseil fédéral a présenté son message sur les initiatives «pour une agriculture paysanne compétitive et respectueuse de l'environnement», déposée par l'USP, et «paysans et consommateurs – pour une agriculture en accord avec la nature», provenant de l'Adl et d'organisations de consommateurs, de paysans et de protection de l'environnement [26]. Pour le gouvernement, les différentes tâches de l'agriculture qu'elles énumèrent sont globalement comparables à celles mentionnées dans le 7e rapport et mettent en lumière la nécessité d'assigner un devoir de «multi-fonctionnalité» à l'agriculture. Concernant les mesures proposées par les initiants, si, là-aussi, il y a recoupement avec le 7e rapport (paiements directs, amélioration des bases de production, mesures visant à orienter la production), le Conseil fédéral estime néanmoins que cela ne doit pas figurer dans la constitution, mais être réalisé au niveau des lois et des ordonnances. Par ailleurs, il considère que les mesures de protection à la frontière contenues par les deux textes sont tout à fait inadéquates dans le cadre des engagements pris au GATT et du processus d'intégration européenne. En conséquence, il a proposé le rejet de ces deux initiatives.

Cependant, le gouvernement a estimé nécessaire d'inscrire dans la constitution le principe de la «multifonctionnalité de l'agriculture», conformément à la nouvelle orientation de la politique agricole officielle. Il a ainsi proposé un contre-projet direct aux initiatives qui consiste, non pas en un nouvel article constitutionnel, mais en la modification de l'article 31bis 3e alinéa, lettre b permettant de compléter les tâches de l'agriculture pour lesquelles la Confédération peut édicter des dispositions en dérogeant au principe de la liberté du commerce et de l'industrie.

De fait, un projet d'article fut mis en consultation au printemps 1992. La majorité des partis, cantons et organisations a estimé que le projet du Conseil fédéral était insuffisant et qu'il fallait citer exhaustivement les missions dévolues à l'agriculture et définies dans le 7e rapport. Le texte finalement proposé aux Chambres contient ainsi, parmi les buts de l'activité fédérale dans le domaine agricole, l'encouragement d'«une agriculture productive, respectueuse de l'environnement et des animaux, servant à la sécurité alimentaire du pays, assurant une utilisation durable des bases naturelles de la vie et l'entretien du paysage rural et contribuant à l'occupation décentralisée du territoire». Pour leur part, les promoteurs des deux initiatives ont considéré ce contre-projet comme insuffisant et ont décidé de maintenir leurs textes [27].