Il était prévu, il y a une dizaine d'années, de procéder à une révision totale de la loi sur la navigation aérienne, dont le but principal aurait été de regrouper dans un seul texte toutes les dispositions ayant rang de loi en ce domaine. Suite à de nombreux travaux de commissions et diverses consultations, il fut finalement décidé de ne procéder qu'à une modification partielle, en attendant les futures changements possibles dans l'organisation du marché aérien européen et les normes qui en découleraient. De fait, cette révision revêt un caractère essentiellement technique, et de nombreuses modifications consistent en des compléments ou des précisions. Citons cependant le fait que le projet du Conseil fédéral lui permet de conclure avec des Etats étrangers des accords sur le trafic aérien international, peut rendre directement applicable certaines dispositions de la Convention relative à l'aviation civile internationale, prescrit un échelonnement des tarifs des aérodromes en fonction des émissions de bruit et de substances nocives des aéronefs et crée une base juridique claire pour Swisscontrol ainsi que pour l'instauration d'un système complémentaire d'indemnisation en matière de responsabilité civile [104].

L'ATE et l'Association suisse contre les émissions dues à l'aviation ont menacé de lancer un référendum contre cette loi. Ils contestaient en effet les dispositions prévoyant la possibilité pour la Confédération d'octroyer des prêts à des conditions avantageuses pour les aéroports et aérodromes du pays. Ils ont considéré cela comme une forme de subventionnement du transport aérien, jugée inacceptable pour des raisons écologiques [105].

Les verts et les socialistes ont repris cet argumentaire lors du débat au Conseil national. Ils ont également tenté, en vain, de proposer que les communes et les riverains des aéroports jouissent d'un plus grand droit de regard sur toute nouvelle installation. Les députés ont finalement décidé d'approuver le projet du gouvernement [106].