Bei den Ersatzwahlen für die zurückgetretenen Regierungsräte Mertenat (sp) und Brahier (fdp) erreichte im ersten Wahlgang bei einer Beteiligung von nur 42,9% (1990: 1. Wahlgang: 61,6%) keiner der Kandidaten das absolute Mehr. Die beiden Kandidaten der SP und der FDP, Jacques Stadelmann und Ständerat Michel Flückiger, landeten hinter Odile Montavon von der links-grünen Organisation "Combat socialiste" und Pierre Kohler (Junge CVP). Im zweiten Wahlgang, bei welchem die Beteiligung 52,4% betrug, wurden überraschenderweise beide Aussenseiter gewählt. Der 29jährige, auf einer freien Liste kandidierende Kohler erreichte mit einem Stimmenanteil von 45,5% das beste Resultat, während Odile Montavon, welche bei den letzten Gesamterneuerungswahlen im zweiten Wahlgang unterlegen war, an zweiter Stelle mit 37,9% der Stimmen gewählt wurde. Stadelmann und Flückiger erzielten nur 31,5% resp. 30,1%. Ohne eigene Kandidatur hat die CVP somit in der Regierung die Mehrheit erlangt, und anstelle der SP vertritt Combat socialiste, welcher im Parlament nur mit drei Sitzen repräsentiert ist, fortan die Anliegen der Linken. Mit Odile Montavon wurde zum ersten Mal eine Frau in die jurassische Regierung gewählt. Wiederum muss die ursprünglich antiseparatistische FDP, wie von Beginn der Kantonsgründung im Jahre 1978 bis 1986, auf eine Regierungsbeteiligung verzichten [15].

Als Ersatz für den seit 1975 als Gesundheitsdirektor amtierenden Peter Wiederkehr (cvp) wurde der von den bürgerlichen Parteien unterstützte CVP-Kandidat Ernst Buschor, ehemaliger Vorsteher der kantonalen Finanzverwaltung und Betriebswirtschaftsprofessor, im ersten Wahlgang bei einer Beteiligung von 37,5% gewählt. An zweiter Stelle mit weniger als der Hälfte der Stimmen des Gewählten landete der von der GP nominierte und auch von der SP unterstützte Kantonsrat Daniel Vischer. Die bemerkenswert hohe Anzahl von Leerstimmen — rund ein Viertel der abgegebenen Stimmen — wurde im Gefolge der Bundesratsersatzwahl als ein Zeichen des Protestes, insbesondere von Frauen, gewertet, die nicht bereit waren, einen Mann zu wählen [16].