Dans un rapport sur la décentralisation du système des Nations Unies, le corps commun d'inspection de l'ONU a préconisé une refonte des structures et des méthodes d'exécution des programmes des organisations des Nations Unies. Ce texte relève notamment la perte d'attractivité des pays neutres pour les organisations internationales depuis la fin de la guerre froide; il est également indiqué que le coût moyen d'un fonctionnaire international est le plus élevé du monde à Genève. Ces conclusions ont éveillé quelques craintes chez les autorités genevoises sur l'avenir du statut de ville internationale de Genève. L'année dernière déjà, la candidature de Genève pour le siège de l'autorité de contrôle de la Convention sur les armes chimiques et du secrétariat chargé du suivi de Rio n'avait pas été retenue. Les milieux diplomatiques genevois ont toutefois souligné que tant que ce rapport n'était pas approuvé par le secrétaire général de l'ONU, il était improbable que des mesures soient prises pour restructurer le système des Nations Unies [54].

La publication d'un autre rapport sur les implications financières de la deuxième phase de réforme des structures des Nations Unies est venue quelque peu apaiser les craintes de Genève. Ce texte, adopté par l'assemblée générale de l'ONU, allait plutôt dans le sens d'un renforcement des activités des agences spécialisées de l'ONU installées à Genève [55].

Répondant à une interpellation Couteau (pl, GE) sur la présence des organisations internationales à Genève et sur la position du Conseil fédéral sur cette question, le chef du DFAE a souligné la volonté du Conseil fédéral de favoriser la présence de Genève dans l'arène politique internationale. Il a également indiqué que, face à la concurrence de plus en plus forte d'autres villes offrant des conditions d'accueil plus favorables, un effort financier devrait être consenti par la Confédération, le canton et la ville [56].

A ce propos, les Chambres fédérales ont approuvé à l'unanimité le financement de nouveaux prêts pour un montant total de 40,5 millions de francs à la Fondation des immeubles pour les organisations internationales (FIPOI), située à Genève. Cet argent est notamment destiné à la construction d'un nouveau bâtiment administratif de l'organisation européenne pour la recherche nucléaire (CERN) [57]. Par ailleurs, le Conseil fédéral a proposé un crédit de 80 millions de francs pour la transformation du Palais Wilson en une «Maison de l'environnement» regroupant divers organismes internationaux [58].