Le Conseil fédéral a mis en vigueur les trois arrêtés fédéraux relatifs à la construction des nouvelles lignes ferroviaires à travers les Alpes (NLFA). Le premier étend et prolonge la concession octroyée à la société Berne-Lötschberg-Simplon (BLS) au nouveau tunnel du Lötschberg. Le second accorde un crédit global de 14 milliards de francs pour la réalisation des deux tunnels de base du Lötschberg et du Saint-Gothard, un premier crédit d'engagement de 800 millions de francs étant alloué pour la mise au point des projets. Le troisième prévoit un crédit de 850 millions de francs afin de financer l'intégration de la Suisse orientale à Alptransit [31].

En outre, par l'adoption des conventions nécessaires, le Conseil fédéral a officiellement mandaté en septembre les CFF et le BLS pour la construction et le financement des NLFA. Le BLS a cependant tardé à signer, exigeant quelques discussions complémentaires. Le canton de Berne a ainsi déclaré qu'il souhaitait que le gouvernement assure que le BLS ne serait pas tenu d'assumer les déficits possibles, et que ceux-ci seraient pris en charge par la Confédération, ce qui fut fait [32].

Face au déficit des finances fédérales, les investissements nécessaires à la construction des deux tunnels projetés pose le problème suivant: faut-il choisir l'un des deux ouvrages et abandonner l'autre, ou étaler la construction dans le temps. De fait, une sorte de concurrence est née entre les tunnels qui a vu s'affronter les défenseurs de chacun. O. Stich a suggéré que le Lötschberg soit délaissé au profit du Gothard, ce qui a provoqué les protestations des gouvernements bernois et valaisan [33]. Les promoteurs du Lötschberg (Berne, Valais et BLS) ont exigé une stricte égalité entre leur axe et celui du Gothard. A. Ogi a tout d'abord déclaré que le premier projet prêt serait mis en oeuvre en priorité. Par la suite, il s'est cependant engagé en faveur d'une construction simultanée des deux tunnels. Le conflit fut croissant entre le DFF et le DFTCE et leurs chefs respectifs [34].

En fin d'année, celui-ci fut encore alimenté par F. Jaeger (adi, SG), professeur d'économie à St-Gall, qui a considéré, dans un rapport commandé par le DFTCE, que les NLFA pouvaient être financées et seraient rentables. Cela fut immédiatement contesté par le DFF. Selon ce département, le montant final de la facture sera beaucoup plus élevé que prévu. De plus, la demande devrait être inférieure à ce que prévoit le DFTCE. Un échelonnement consisterait pour le DFF à renoncer à certains tronçons, peut-être même au Lötschberg. A. Ogi a maintenu sa position en revendiquant une égalité de traitement entre les deux axes; pour lui, outre que cela est conforme à une décision populaire, cela permet de ne pas voir le problème que sous le seul angle financier, mais de prendre en compte les dimensions politique, environnementale et européenne du projet [35].

Pour tenter d'aplanir ce différend, une rencontre entre les quatre partis gouvernementaux et le Conseil fédéral s'est saisie du problème. Il a été proposé, eu égard aux difficultés financières de la Confédération, de procéder à une réalisation par étape des NLFA. Un tel échelonnement pourrait s'opérer en donnant la priorité à la construction des deux tunnels et en repoussant la réalisation des voies d'accès [36].

Le choix de variantes pour le tracé de chacune des NLFA a été source de plusieurs conflits. Pour la ligne du Gothard, les problèmes furent particulièrement débattus dans les cantons d'Uri et de Schwyz. Le gouvernement uranais s'est notamment déclaré opposé aux quatre variantes proposées en consultation. Des groupes écologistes schwytzois ont également manifesté leur mécontentement face aux choix proposés [37]. Au Tessin, le gouvernement cantonal a également rejeté la variante officielle [38]. Concernant le Lötschberg, les cantons du Valais et de Berne sont parvenu à un accord sur une variante. Celle-ci s'étant révélée trop chère, chacun dut faire quelques concessions en rationalisant le tracé afin de respecter l'enveloppe budgétaire [39].