Les Chambres ont adopté non sans mal le projet de révision de la loi sur la navigation aérienne. La pierre d'achoppement fut la procédure d'autorisation pour les aéroports et les aérodromes. Au Conseil des Etats, les sénateurs décidèrent dans un premier temps, pour des raisons écologiques et fédéralistes, de s'opposer au projet gouvernemental de supprimer l'échelon cantonal dans la procédure d'autorisation. La petite chambre a cependant repoussé une proposition visant à faire des cantons l'instance prépondérante dans cette dernière. Pour sa part, le Conseil national est revenu à la proposition initiale du Conseil fédéral de ne prévoir qu'un seul niveau malgré les pressions de la gauche et des verts pour que les cantons et les communes restent impliqués dans la procédure. En fin de compte, la petite chambre s'est ralliée à cette position [88].

L'ATE, soutenue par les verts, les socialistes, diverses organisations de protection de l'environnement ainsi que des associations de riverains des aéroports ont lancé un référendum contre cette révision de la loi. Leurs critiques touchent deux dispositions du texte. La première concerne les prêts à des taux préférentiels pour les aéroports. Selon les référendaires, cette mesure constituerait une sorte de subventionnement du trafic aérien, mode de transport polluant, et irait à l'encontre d'une politique des transports respectueuse de l'environnement. La seconde norme contestée a trait à la perte de compétence des communes et des cantons dans la procédure d'autorisation de construire pour les aéroports. En faisant de la Confédération la seule instance décisive, la loi ne permettrait pas de prendre en compte les intérêts locaux, notamment en ce qui concerne la protection de l'environnement. Le référendum a abouti en septembre [89].