A côté de l'instauration de la maturité professionnelle, l'autre volet de la réforme de la formation professionnelle concerne la création de hautes écoles spécialisées (HES); un projet de loi sur cette question a été mis en consultation par le Conseil fédéral. Son objectif principal est de revaloriser les écoles d'ingénieurs (ETS: environ 11 000 élèves actuellement), les écoles de cadres pour l'économie et l'administration (ESCEA: environ 2000) et les écoles supérieures des arts appliqués (environ 300) qui seront rassemblées sous le même sigle d'Hautes écoles spécialisées; cette réforme vise également à répondre à la demande croissante des entreprises en personnel qualifié. Les études dans les HES seront de niveau universitaire et dureront trois ans à plein temps ou plus si les enseignements sont suivis en cours d'emploi. Pour accéder aux HES, le postulant devra être titulaire d'une maturité professionnelle; d'autres voies d'accès seront toutefois maintenues. Ces changements devraient occasionner des frais supplémentaires estimés à 1,5 milliard de francs entre 1996 et 2003, dont 600 millions seront financés par la Confédération [52].

Lors de la procédure de consultation, les premières prises de position furent plutôt positives. Toutefois, la plupart des gouvernements cantonaux ont demandé une contribution financière plus importante de la Confédération ainsi qu'un élargissement des compétences des cantons; d'autres ont souhaité que les nouvelles HES concernent également les formations dans les domaines de la santé, du social, de l'art et de la pédagogie notamment [53].