Outre l'évacuation urgente des ressortissants suisses au Rwanda dans le courant du mois d'avril, la crise qui a affecté ce pays a été à l'origine de deux affaires qui ont préoccupé les départements fédéraux des affaires étrangères et de justice et police. L'octroi par le DFJP d'un visa d'entrée en Suisse à l'extrémiste hutu Félicien Kabuga - directeur de la Radio des Mille Collines et soupçonné à ce titre de crimes de guerre -, puis la décision de l'expulser vers Kinshasa (Zaïre) alors que le DFAE s'était prononcé pour son arrestation en Suisse, ont conduit à l'ouverture d'une enquête administrative sur l'Office fédéral des étrangers (OFE) dirigé par Alexandre Hunziker. Le rapport a révélé que ce dernier avait commis des irrégularités et des fautes, mais qu'aucune infraction pénale ni aucune atteinte à la morale ne pouvait lui être imputée. Sa demande de retraite anticipée a néanmoins été acceptée. L'enquête administrative a en outre débouché sur la constitution d'un groupe de travail commun au DFAE et DFJP; sa tâche sera de réexaminer la procédure de délivrance des visas, d'interdiction d'entrée et de renvoi des ressortissants d'Etats en guerre ou soumis à des troubles [93].

Par ailleurs, des révélations du "Nouveau Quotidien" quant à l'utilisation des locaux de la représentation suisse à Kigali par un extrémiste hutu, Origène Murenzi, ont également conduit à l'ouverture d'une enquête interne confiée à la DDA. Celle-ci a conclu que rien de sérieux n'avait pu être prouvé ou reproché à l'avocat hutu et que les révélations du quotidien romand n'étaient que des rumeurs. Le dossier Origène Murenzi a été classé [94].