Parallèlement à la réforme de l'armée, le DMF a entrepris une profonde mutation, des sphères dirigeantes aux usines d'armement. L'un des éléments centraux de cette réforme tient dans la réorganisation du commandement même. Deux scénarios opposés avaient été proposés à ce sujet; la réunion sous la seule autorité du chef de l'Etat-major général de la conduite, de l'engagement et de l'instruction, ce qui en aurait fait une sorte de "général en temps de paix", ou la séparation radicale entre conduite et engagement d'une part, et instruction d'autre part, cette dernière se voyant encore étoffée par l'adjonction de la formation en matière d'aviation et de cours de répétition. Le choix d'une de ces options a provoqué d'importants conflits au sein de l'administration et entre les commandants de corps intéressés (A. Liener et J.-R. Christen), chacun défendant la solution la plus favorable pour lui.

Le chef du DMF et le Conseil fédéral ont finalement opté pour une troisième voie qui, tout en maintenant une structure bicéphale de commandement, redéfinit de manière conséquente les fonctions et les responsabilités. Ainsi, le chef de l'instruction (désormais "Groupement des forces terrestres") se voit confier la formation dans les écoles et les cours de répétition ainsi que pour l'ensemble des armes, excepté l'aviation. Pour sa part, le chef de l'Etat-major général sera chargé des fonctions de conduite et de contrôle sur l'armée, l'aviation et la logistique ("support"). Ce dernier élément comprend le Groupement de l'armement, baptisé Groupement support. Il subira les plus fortes restructurations, par une diminution du personnel et une suppression ou réorganisation de onze offices. En particulier, les entreprises d'armement et d'entretien seront fortement redimensionnées. Dans le domaine des munitions, dès le début de l'année 1995, les usines d'Altdorf (UR), de Thoune (BE), de Wimmis (BE) et d'Aubonne (VD) seront réunies pour former une nouvelle fabrique dont le siège sera à Thoune. Par ailleurs, des entreprises et postes de travail disparaîtront dans les arsenaux, les parcs automobiles et les aérodromes militaires. Au total, le chiffre de 3000 emplois supprimés annoncé initialement devrait être dépassé [17].