Le nombre de cas d'encéphalite spongiforme bovine (maladie de la "vache folle") n'a cessé d'augmenter dans le cheptel helvétique. La Suisse est ainsi le pays le plus touché du continent (plus de 80 cas), la Grande-Bretagne restant la première concernée (130 000). Une controverse est née au sujet de la question de la transmission de cette maladie à l'homme. En effet, des recherches ont fait apparaître une analogie entre celle-ci et une maladie humaine dite de Creutzfeld-Jacob dont l'origine est mal connue. Ainsi, si la transmission à l'homme n'a pas pu être prouvée, elle n'est pas non plus exclue. En l'absence de preuves scientifiques irréfutables à ce sujet, l'Office vétérinaire fédéral et l'Office fédéral de la santé publique ont cependant estimé, en raison des conséquences économiques que cela pourrait avoir, qu'il n'était pas nécessaire d'édicter de nouvelles mesures telles que l'interdiction de la consommation de certains morceaux ou la mise en place d'une campagne d'abattage [40].

Suivant le Conseil national en 1993, le Conseil des Etats a transmis la motion Philipona (prd, FR) demandant une modification de la loi sur l'agriculture afin que toutes les exploitations gardant des porcs puissent bénéficier des exceptions favorisant la mise en valeur des sous-produits issus de la transformation locale ou régionale du lait et des déchets de boucherie [41].