La législation d'application de la loi sur les produits alimentaires mise en consultation a conduit à une controverse autour de l'utilisation des denrées alimentaires produites grâce à la technologie génétique. Ces ordonnances ne prévoient qu'une procédure d'autorisation pour ces dernières et une obligation de déclaration uniquement pour les denrées soumises à des rayonnements radioactifs en vue de leur conservation. Pour les denrées produites par technologie génétique, le Conseil fédéral a déclaré préférer attendre que l'UE agisse en ce domaine dans l'optique de reprendre sa solution. A l'exception des radicaux, les partis gouvernementaux se sont dits favorables à l'obligation de désignation des produits issus des technologies génétiques, ce qui serait le seul moyen de donner la liberté au consommateur de choisir entre ces produits ou ceux cultivés classiquement. De grands distributeurs sont également allés dans ce sens. Pour leur part, les Verts se sont prononcés pour l'interdiction pure et simple des denrées produites ou transformées génétiquement. Si cela n'était pas le cas, ils ont demandé, comme les organisations de défense de l'environnement ou des consommateurs, une obligation de déclaration qui devrait également être étendue aux produits hors-sol. Pour sa part, le PRD a rejeté la procédure d'autorisation ainsi que l'obligation de désigner les aliments issus de technologies génétiques; la principale raison en est que ces derniers ne pourraient être différenciés de ceux obtenus par sélection classique [52].