L'initiative populaire "pour la protection des régions alpines contre le trafic de transit" (initiative des Alpes), sur laquelle le peuple et les cantons devaient se prononcer, a été déposée en 1990. Son texte propose, pour protéger la région alpine, de transférer complètement le trafic de transit de la route au rail en l'espace de dix ans et de geler la capacité des routes de transit. En 1992-1993, le Conseil fédéral et les Chambres l'avaient rejetée. A l'inverse, le souverain a accepté cette initiative avec près de 52% de oui et 13 6/2 cantons. Comme il est d'usage en matière de scrutins routiers et environnementaux, le principal clivage s'est situé entre cantons romands et alémaniques. Tandis que les premiers ont nettement repoussé l'initiative, les seconds l'ont tous approuvée (à l'exception d'Argovie), en particulier ceux qui se situent sur l'axe du Gothard (Lucerne, Nidwald, Uri et le Tessin). La plus forte proportion de oui est venue d'Uri (87,6%), canton particulièrement victime du trafic de transit, et le rejet le plus massif fut le fait du Valais (74,4%) en raison du danger pesant sur la réalisation de la N9. En Suisse romande, l'acceptation de l'initiative a souvent été vue comme un nouveau vote anti-européen. De nombreuses voix ont ainsi protesté contre la décision imposée par la majorité alémanique, la plus virulente ayant été celle de J.-P. Delamuraz, ce qui n'a pas manqué de lui attirer de nombreuses critiques [2].

Les partisans de l'initiative - socialistes, écologistes, minorités bourgeoises radicales et démocrates-chrétiennes, élus et populations de cantons concernés (notamment Uri) ainsi qu'associations de protection de l'environnement - ont mis en avant le fait que celle-ci était le complément idéal aux NLFA, à l'accord sur le transit avec l'UE et à la Convention alpine; elle permettrait à ces textes et projets de se concrétiser en obligeant réellement à transférer le trafic de transit, en constant accroissement, de la route au rail. Cela serait nécessaire pour protéger la région alpine contre la pollution atmosphérique et surtout le bruit. Ces nuisances seraient devenues insupportables dans certaines régions, notamment le canton d'Uri. De plus, un tel transfert permettrait au rail de regagner des parts de marché par rapport à la route; le rôle de cette dernière dans le trafic de marchandises n'a en effet cessé d'augmenter depuis plusieurs années. Le passage de la route au rail aurait en outre l'avantage de rentabiliser les futures infrastructures ferroviaires (NLFA) qui, sans cela, deviendraient largement déficitaires. Les partisans n'ont pas estimé que leur texte était anti-européen ou discriminatoire vis-à-vis des transporteurs étrangers; selon eux, ces derniers et les Suisses devraient être traités de la même manière sur le plan juridique. Par ailleurs, en adoptant ce texte, la Suisse se poserait en exemple et en précurseur pour le reste de l'Europe [3].

Les opposants à l'initiative - une bonne part des partis bourgeois, les automobilistes, les transporteurs routiers ainsi que le gouvernement - ont affirmé que celle-ci créerait plus de problèmes qu'elle n'en résoudrait. Sur le plan des principes, ils n'ont pas admis que l'on contredise la règle prescrivant le libre choix du moyen de transport. Manifestant également le souci de protéger l'arc alpin et de transférer le trafic de transit de la route au rail, ils ont reproché au texte son caractère contraignant. Selon eux, la politique fédérale vise un résultat identique en construisant les infrastructures nécessaires (NLFA notamment), mais en usant, afin qu'elles soient utilisées suffisamment, d'instruments conformes à l'économie de marché (taxes incitatives). Les opposants ont en outre relevé que les neuf dixièmes des marchandises transportées en Suisse transitaient déjà par le rail. Par ailleurs, ils ont mis en doute l'efficacité même des mesures proposées. Selon eux, l'initiative conduirait les routiers européens à contourner la Suisse, ce qui ne ferait que déplacer le problème ailleurs. De plus, seule une part minime du trafic dans les Alpes serait touchée; la majorité, soit le trafic intérieur et le trafic d'import-export ne serait pas concerné. Cela créerait de fait une inégalité entre les transporteurs suisses et étrangers. Ces derniers étant discriminés, les pays européens ne manqueraient certainement pas d'infliger à la Suisse des mesures de rétorsion, d'autant que plusieurs traités internationaux seraient violés (accord sur le transit notamment). D'autre part, l'initiative défavoriserait les régions alpines en empêchant la réalisation de certaines routes, en tête desquelles la N9 de Sierre (VS) à Brigue (VS), et y freinerait l'activité économique, commerciale et touristique [4].

La campagne sur cet objet fut très animée. Du côté des opposants, A. Ogi a manifesté un grand engagement pour que les projets de son département ainsi que l'accord sur le transit ne soient pas remis en cause. Un des points forts fut sa confrontation télévisée avec le Landamann d'Uri durant laquelle il s'est clairement rendu impopulaire en faisant montre d'une certaine arrogance en prétendant que Uri ne devait pas protester contre les décisions fédérales car c'était un canton subventionné à 100%. D'aucuns ont affirmé que la campagne avait connu là un tournant en Suisse alémanique. Par ailleurs, le chef du DFTCE n'a pas craint de dramatiser l'enjeu, assurant que les conséquences d'une acceptation seraient terribles, tant au niveau international (relations avec l'UE) que national (gel des constructions routières). De leur côté, les partisans de l'initiative n'ont pas été moins actifs et ont axé leur propagande sur les conditions de vie difficiles dans le canton d'Uri en raison du transit routier. Ils ont en outre concentré leurs attaques sur la personne d'A. Ogi [5].

L'analyse VOX de cette votation a mis en évidence le fait que l'acceptation de l'initiative a été principalement due à la division des partis bourgeois. Ainsi, près de la moitié des votants proches du parti démocrate-chrétien et un tiers des sympathisants radicaux ont voté oui. Le principal motif d'une acceptation était de type environnemental; l'idée de transférer le trafic de transit de la route au rail pour soulager l'environnement a rassemblé une majorité de personnes. Du côté du non, l'argument essentiel concernait la politique européenne; il s'agissait de respecter l'accord sur le transit et d'éviter des mesures de rétorsion. De fait, une certaine corrélation entre partisans d'une intégration européenne et opposants à l'initiative a été observée. Dans le sens inverse, la situation fut moins nette, même si les adversaires d'une adhésion à l'EEE furent nombreux à voter oui [6].

Suite à l'acceptation de l'initiative, le Conseil national a transmis un postulat du groupe écologiste demandant au Conseil fédéral de présenter un concept global pour la réalisation de l'initiative des Alpes précisant par quels moyens il compte en respecter les objectifs [7].