Le souverain s'est prononcé sur les trois objets relatifs aux taxes routières adoptées par le parlement en 1993. Les deux premiers concernent la prorogation et l'adaptation au renchérissement de la vignette autoroutière et de la taxe poids lourds. Le troisième consiste en la possibilité pour la Suisse d'introduire une taxe poids lourds liée aux prestations sur le même modèle que celle que l'UE pourrait créer à l'avenir. Tous ces projets ont été largement acceptés par plus des deux tiers des votants, le canton le plus favorable étant celui de Bâle-Ville avec plus de 80% de oui dans les trois cas. Sans surprise, les cantons les plus réfractaires à ces redevances furent les cantons romands. Toutefois, alors qu'ils avaient tous refusé la taxe autoroutière et la taxe poids lourds lors de leur introduction en 1984, seuls Vaud et Neuchâtel ont dit non à la première et aucun à la seconde. Pour la taxe poids lourds liée aux prestations, Vaud et le Valais, uniquement, se sont opposés au projet présenté [30].

Les partisans des redevances routières, soit la grande majorité des partis et organisations, ont estimé que ces taxes et leur augmentation étaient justifiées par le fait que le trafic privé ne couvre pas ses coûts et que les usagers doivent continuer à participer aux frais d'infrastructure, à l'image de ce qui se fait dans de nombreux autres pays. Ils ont ainsi considéré, eu égard à l'état des finances fédérales, que ces sources de revenu étaient nécessaires pour financer l'achèvement du réseau des routes nationales ainsi que les futures transversales alpines. Concernant la vignette autoroutière, ils ont fait remarquer que son prix était relativement modique par rapport aux prélèvements effectués dans les pays voisins (France et Italie notamment). Les défenseurs de la taxe poids lourds l'ont justifiée en arguant que plusieurs pays de l'UE avaient décidé d'en instaurer une. La possibilité d'introduire une taxe poids lourds liée aux prestations a été présentée comme allant dans le sens de l'équité et de la protection de l'environnement (principe du pollueur-payeur), mais aussi comme une nécessité en vue d'une harmonisation avec les projets de l'UE [31].

Les opposants aux redevances et, en particulier, à leur augmentation - l'Association suisse des transporteurs routiers dirigée par le conseiller national Friderici (pl, VD), mais également les automobilistes ou l'USAM ainsi que les démocrates du centre, les libéraux et la majorité des sections cantonales du PRD dans le cas de la taxe poids lourds liée aux prestations - ont protesté contre de nouvelles ponctions opérées en direction des automobilistes et des transporteurs qui, selon eux, nuiraient à l'économie suisse en général. Ils ont considéré que l'augmentation de la taxe autoroutière était inadmissible alors que les citoyens devaient déjà supporter une hausse du prix de l'essence ou l'introduction de la TVA. Pour la taxe poids lourds, ils ont estimé que son augmentation risquait de provoquer des mesures de rétorsion de la part des pays étrangers, renchérirait le prix des marchandises et diminuerait la capacité de concurrence des transporteurs suisses. Quant à la taxe poids lourds liée aux prestations, ils ont contesté son eurocompatibilité, faisant remarquer que l'UE n'avait pris encore aucune décision et que, en son sein, les oppositions étaient nombreuses, notamment de la part des pays du sud de l'Europe [32].

L' analyse VOX de ces votations a relevé que la motivation principale des personnes ayant voté oui a été relative à une volonté de garantir la vérité des coûts dans le trafic routier ainsi qu'à la nécessité de donner des moyens financiers supplémentaires à l'Etat, en particulier afin de réaliser de nouvelles infrastructures routières. Le principe du pollueur-payeur a trouvé un large écho, notamment en ce qui concerne la taxe poids lourds liée aux prestations. Ce sont les personnes proches des organisations de protection de l'environnement, du PSS et du PDC qui ont voté le plus massivement oui. Les sympathisants du PRD et de l'UDC ont en revanche été beaucoup plus divisés [33].