Répondant à un postulat de la commission des transports et des télécommunications du Conseil des Etats, le gouvernement a présenté un rapport sur la première étape de Rail 2000. Ce document présente dans le détail le projet de réduire, dans un premier temps, les réalisations prévues par Rail 2000 afin de contenir l'explosion des coûts et de maintenir une enveloppe de 7,4 milliards de francs. Ainsi, par rapport au projet initial, les constructions ou améliorations des tronçons Siviriez-Villars-sur-Glâne (FR), Liestal (BL)-Olten (SO) et Zurich-aéroport-Winterthour (ZH) seraient reportées. Les gains de temps devraient d'abord être obtenus grâce à l'utilisation de trains à caissons inclinables. L'accroissement de la capacité devrait être réalisée par l'utilisation de voitures à deux étages. L'introduction de la cadence horaire ou semi-horaire serait en outre abandonnée lorsque la demande est insuffisante. L'ensemble de ces mesures devrait occasionner une détérioration du résultat des CFF de 340 millions de francs par année. Selon le Conseil fédéral, le fait de réaliser le projet Rail 2000 par étapes ne nécessite pas de modifier les arrêtés fédéraux y relatifs; le parlement ne devrait donc pas se prononcer à ce sujet [67].

Le Conseil des Etats a pris acte de ce rapport et a facilement repoussé une proposition de renvoi qui demandait notamment au gouvernement d'établir un calendrier des constructions et un plan de financement des prochaines étapes ainsi que d'examiner de façon plus approfondie s'il fallait procéder à une modification des arrêtés fédéraux sur Rail 2000. Certains sénateurs ont par ailleurs mis en cause les anciens responsables des CFF et du DFTCE pour n'avoir pas sérieusement ficelé le paquet Rail 2000 à l'époque, notamment en ce qui concerne son financement [68].

Toujours en vue de mieux maîtriser ce projet, le DFTCE a mis en place une commission composée de représentants des chemins de fer, de la Confédération et des cantons afin de superviser la mise en oeuvre de Rail 2000, tant au niveau de la planification des travaux que du financement [69].