Le projet Swissmetro - train souterrain ultra-rapide à sustentation magnétique - a été l'objet d'une importante polémique. Alors que la Confédération et certaines entreprises privées s'y sont engagées financièrement, l'ingénieur EPFL Ph. Bovy l'a attaqué en prétendant qu'il était incompatible avec les projets suisses et européens et qu'il présentait des problèmes de faisabilité, de fiabilité et de coûts. Les promoteurs de Swissmetro, qui appartiennent au même institut de l'Ecole polytechnique que Ph. Bovy, ont vivement réagi et ont notamment accusé ce dernier, partie prenante, en tant qu'expert, à la réalisation des transversales alpines, d'agir de la sorte pour éliminer un projet concurrent. Certaines critiques à l'égard de Swissmetro ont toutefois été reprises au sein même de la commission des transports du Conseil national [73].

La grande chambre a rejeté le postulat Stalder (ds, BE) demandant que le Conseil fédéral fasse en sorte que la gare de Thoune (BE) soit toujours desservie par les trains Eurocity. Les députés se sont ralliés aux vues du gouvernement selon lesquelles aucun projet d'abandon de cette gare n'existait et que l'intervention était sans objet [74].