Après deux accidents ferroviaires, à Affoltern (ZH) et à Lausanne (VD), mettant en cause des convois de produits toxiques, la direction générale des CFF a proposé de suspendre le transport de matières particulièrement dangereuses afin de renforcer la sécurité en ce domaine. Cette décision a provoqué quelque bruit; outre que la Suisse est liée par certains traités internationaux en ce domaine, d'importants intérêts économiques étaient en effet en jeu. Arguant que la route n'était pas une alternative valable, l'industrie chimique a ainsi protesté vivement contre cette initiative, même si elle s'est dite prête à examiner les possibilités d'améliorer la sécurité des wagons. Répondant partiellement à la demande des CFF, le DFTCE a libéré pendant trois semaines la régie de l'obligation de transporter des marchandises dangereuses, sans qu'il ne soit toutefois question de stopper tous les convois de ce type. Les CFF ont ainsi instauré une procédure d'autorisation spéciale, le temps d'élaborer un plan de mesures de sécurité. A court terme, celles-ci consistaient notamment en l'examen plus sévère des wagons, la mise en place de contrôles accrus aux frontières, la réévaluation de l'emploi simultané de wagons vides et de wagons pleins, l'instauration de certains changements de parcours ou la modification des procédures de freinage. A moyen terme, les CFF ont surtout décidé d'améliorer le matériel roulant. La régie a par ailleurs accéléré l'introduction d'un système de surveillance pour 500 endroits particulièrement critiques du réseau [75].

Dans le but de prévenir des accidents là où transitent beaucoup de produits dangereux, le Conseil national a transmis le postulat Keller (ds, BL) demandant que le gouvernement fasse en sorte que des installations de détection des boîtes chaudes et d'enrayage soient mises en place dans la région de Bâle [76].

Face à l'accroissement des délits commis dans les transports publics, la Conférence des directeurs cantonaux de justice et police a soumis au DFTCE un projet de création d'un corps de police pour assurer la sécurité dans les gares et les trains en marche. Le département a institué un groupe de travail pour étudier ce problème [77].