Selon les comptes 1994 des CFF, le déficit de la régie a été plus que doublé par rapport à 1993 et s'est monté à 198 millions de francs (produits: 6,347 milliards de francs, charges: 6,545 milliards). Si les CFF ont atteint des records en termes de nombre de voyageurs (+5,3%) et de quantité de marchandises (+7,7%) transportés, les recettes n'ont pas suivi la même évolution. Elles ont diminué de 5,3% pour le trafic marchandises et sont restées pratiquement stables pour le transport de voyageurs (+0,5%) en raison des mauvais résultats du trafic international (-6,6%). L'apport financier de la Confédération a augmenté de 9,4% et a représenté 2,427 milliards de francs. Les mesures de rationalisation prises par les CFF ont notamment conduit à la suppression de 1967 postes (-5,3%) [78].

Comme en 1994, et malgré de nombreux efforts d'économie, le budget 1995 des CFF n'a pu être équilibré, faisant apparaître un déficit de 343 millions de francs (charges: 6761 millions de francs; produits: 6418 millions). En outre, il grève de façon accrue les finances fédérales, portant leurs charges à 2582 millions de francs (+ 5,3%). Cependant, conformément aux décisions prises en 1993, l'indemnité pour le trafic régional versé par la Confédération passe de 725 à 700 millions de francs. La situation financière de la régie l'empêche, encore une fois, de fournir une contribution pour l'infrastructure. Le parlement a facilement approuvé ce budget [79].

Pour compenser l'introduction de la TVA, les CFF ont décidé de procéder à un certain nombre d'augmentations de tarif au 1er janvier 1995. La hausse de base est de 3,6%, le prix de certains billets et abonnements étant relevé dans une plus large mesure. En revanche, le prix de l'abonnement demi-tarif reste stable [80].