Face à la contestation des cantons alpins contre les protocoles de la Convention des Alpes qui, selon eux, empêcheraient le développement de ces régions, le gouvernement a élaboré un protocole supplémentaire intitulé "population et économie". Ce dernier reprenait les propositions faites par le Groupement suisse pour les régions de montagne (SAB). Ayant pour objectif de garantir un "développement durable" pour les régions alpines, celles-ci se focalisent notamment sur la participation des collectivités locales à tous les échelons de décision, la collaboration transfrontalière, le développement de labels de qualité pour les produits alpins ou l'indemnisation pour prestations écologiques effectuées par l'agriculture [52].

En mars, lors de la réunion ministérielle sur la Convention des Alpes à Paris, R. Dreifuss a ainsi suggéré à ses partenaires (représentants de l'Allemagne, de la France, de l'Italie, de l'Autriche, de la Slovénie, du Liechtenstein et de Monaco) d'adopter ce protocole additionnel. Ceux-ci ont rejeté la proposition helvétique mais ont cependant accepté d'intégrer ses dispositions dans le protocole consacré à l'aménagement du territoire [53].

Le DFI a ensuite mis en consultation l'ensemble des cinq protocoles de la Convention des Alpes (agriculture de montagne, protection de la nature et entretien des paysages, aménagement du territoire et développement durable, tourisme et transports) discutés à Paris. La majorité des cantons alpins (10 sur 15, soit UR, SZ, OW, GL, GR, TI, VS, NW, AR, AI et ZG comme canton non alpin) ainsi que le SAB, le PDC, le PRD, l'UDC, le PdL (ex-PA) et les organisations économiques les ont sévèrement critiqués et les ont rejetés. Malgré les amendements apportés, ils seraient, selon eux, beaucoup trop unilatéralement axés sur la protection et ne feraient pas de place pour le développement économique des régions alpines. En revanche, le PS, l'AdI, le PL, les DS, les Verts et les organisations de protection de l'environnement se sont prononcés favorablement sur ces protocoles et ont soutenu leur ratification [54].

Au vu de ces protestations, le Conseil fédéral, lors de la réunion ministérielle de Chambéry (F) en décembre, n'a pas signé les trois protocoles déjà prêts et, sans s'y opposer, a choisi d'attendre la rédaction finale des deux autres (tourisme et transports) pour réexaminer le dossier, reportant ainsi toute décision à plus tard. D'ici là, la Suisse devrait pratiquer la politique de la Convention sur une base volontaire grâce à sa propre législation. La Convention devant entrer en vigueur en mars 1995, la Confédération ne devrait plus avoir qu'un statut d'observateur. Contrairement à certaines attentes, elle ne s'est pas retrouvée isolée à Chambéry puisque l'Autriche et le Liechtenstein ont également refusé de signer les trois protocoles, l'Autriche en raison de certaines garanties qu'elle exige de voir figurer dans le texte sur les transports et le Liechtenstein par solidarité avec ses voisins [55].

La décision du gouvernement a par ailleurs répondu aux préoccupations exprimées par le postulat Danioth (pdc, UR) transmis par le Conseil des Etats. Ce texte demande en effet que le Conseil fédéral négocie les protocoles d'application de la Convention des Alpes en veillant à ce que les intérêts des populations montagnardes, notamment en termes d'activité économique, soient pris en compte au même titre que les besoins de la protection de l'environnement [56].