Dans la procédure d'élimination des divergences relative à la révision de la loi sur la protection de la nature et du paysage, le Conseil des Etats, sur proposition de sa commission, est revenu sur les décisions de la grande chambre dans le cadre du débat sur le droit de recours des organisations de protection de l'environnement (et des communes). La version du Conseil national, défendue en l'occurrence par E. Delalay (pdc, VS), entendait limiter le droit de recours des organisations nationales aux seuls objets de signification nationale ou concernant plusieurs cantons et, pour les autres cas, laisser la liberté aux cantons de définir eux-mêmes les organisations compétentes. Les sénateurs ont refusé de telles restrictions et ont en outre biffé une proposition Maître (pdc, GE) supprimant tout droit de recours contre des projets déclarés d'utilité publique. Ils ont en général estimé que le droit de recours ne saurait par trop être restreint, car il représente un des piliers de l'Etat de droit et qu'il est nécessaire que la nature puisse bénéficier de représentants pouvant défendre ses intérêts [57].

Malgré diverses vélléités d'en revenir à sa position initiale, le Conseil national s'est finalement rallié aux vues de la petite chambre. Il a néanmoins maintenu une divergence pour ce qui est du moment où un recours peut être intenté. Tandis que le Conseil des Etats avait situé cet instant immédiatement après la décision en première instance de l'autorité, la grande chambre a choisi une solution plus rapide en le plaçant avant. Les promoteurs de cette solution ont souligné que cela permettrait à l'autorité de prendre une décision en toute connaissance de cause. Les opposants ont souligné que cela risquait de provoquer un encombrement procédural, organisations et communes étant contraintes de s'opposer a priori à tout projet [58].