Le Conseil des Etats a recommandé à une très large majorité le rejet de l'initiative "paysans et consommateurs - pour une agriculture en accord avec la nature" déposée en 1991 par l'AdI et différentes organisations de consommateurs, de paysans et de défense de la nature. Il a estimé en effet cette dernière trop extrémiste en matière d'exigences écologiques ainsi que contraire aux accords du GATT en matière d'importations. Par ailleurs, contrairement au gouvernement qui avait fait part de son intention de ne pas proposer, faute de temps, de contre-projet à l'initiative, le Conseil des Etats a tenu à soumettre aux citoyens un projet alternatif, estimant le risque trop important de voir l'initiative acceptée, tant le désir de réformes était grand dans la population. Aussi, il a adopté un contre-projet proposé par une minorité de sa commission, lequel, tout en reprenant les dispositions non contestées de l'article rejeté en mars par le peuple et les cantons au sujet de la multifonctionnalité de l'agriculture, soumettait désormais le versement des paiements directs au respect de conditions écologiques minimales [10].

Défendant également le principe du contre-projet, la commission du Conseil national a néanmoins jugé que la proposition de la petite Chambre ne prenait pas suffisamment en compte les revendications des vainqueurs des votations du mois de mars, et n'avait de ce fait que peu de chances de l'emporter en votation populaire. Par conséquent, elle a élaboré un projet plus exigeant du point de vue du respect de l'environnement et plus à même, selon elle, de satisfaire les consommateurs. En effet, d'une part, outre de soumettre également l'octroi de paiements directs au respect d'exigences écologiques minimales, la version de la commission prévoit l'adoption par la Confédération de normes obligeant les producteurs à déclarer la provenance, la qualité et les méthodes de fabrication de leur produits; d'autre part, elle proscrit l'utilisation abusive d'éléments fertilisants, de produits chimiques et autres matières auxiliaires. Par rapport à l'initiative "paysans et consommateurs", l'article proposé à la Chambre du peuple renonce néanmoins à des prescriptions trop détaillées en matière de protection des animaux ainsi qu'à toute mention d'une taxe d'incitation sur les engrais.

En plénum, la grande Chambre, de même que le gouvernement, a donné sa préférence de manière très nette à l'article proposé par sa propre commission, à l'exception de quelques députés automobilistes et agrariens, qui ont appuyé sur proposition du député Weyeneth (udc, BE) la version du Conseil des Etats, et des députés de l'AdI favorables à l'initiative "paysans et consommateurs". De nombreux orateurs ont fait valoir que ce projet était susceptible de faire l'objet d'un large consensus au sein de la population. Le seul aspect du contre-projet à faire l'objet d'une discussion a porté sur l'alinéa stipulant que les agriculteurs devraient fournir la preuve du respect d'exigences à caractère écologique pour pouvoir prétendre à des paiements directs. Les groupes bourgeois ont tenu à préciser que cet alinéa ne devait en aucun cas être interprété comme excluant le versement à l'avenir des paiements directs complémentaires. Le rapporteur de la commission, le libéral Gros (GE) ainsi que le conseiller fédéral Delamuraz ont tenu à les rassurer en insistant sur le fait que l'alinéa concerné signifiait uniquement qu'à l'avenir les paiements directs pour prestations écologiques constitueraient la part principale des aides publiques au monde agricole.

Au Conseil des Etats, de nombreux sénateurs agrariens et démocrate-chrétiens - qui s'inquiétaient également que le projet du Conseil national puisse être interprété comme réservant exclusivement aux paysans écologiques le versement de paiements directs - auraient voulu renvoyer à la Chambre du peuple une proposition Bieri (pdc, ZG) stipulant explicitement que les paiements directs pourraient être à l'avenir encore versés pour des prestations d'intérêt public. Cependant, devant l'urgence de mettre sous toit avant la fin de la session le contre-projet si l'on entendait l'opposer à l'initiative populaire, le Conseil des Etats s'est rallié à une courte majorité à la version de la grande Chambre [12].

Suite à cette décision, les auteurs de l'initiative populaire ont fait part de leur satisfaction face à la version adoptée. Ils ont annoncé qu'ils envisageaient de retirer leur initiative. La décision à ce sujet sera prise en début 1996 [13].