Lors de la procédure de consultation au sujet des mesures d'application de l'initiative des Alpes, les réactions aux propositions du Conseil fédéral ont principalement concerné l'introduction de péages tant pour le trafic de transit que pour ceux d'import-export et indigène. Cette mesure, que le DFTCE avait proposée afin d'éviter toute discrimination des transporteurs européens, a suscité le mécontentement des gouvernements et des milieux économiques des cantons alpins. Ainsi, par exemple, le canton du Tessin a demandé que tous les transporteurs tessinois, et non pas uniquement ceux à proximité du Gothard et du San Bernardino (GR), soient exemptés de la taxe sur le transit alpin (TTA), estimant que celle-ci signifierait une baisse de compétitivité des entreprises tessinoises sur le marché suisse du fait de la taxe perçue lors du passage du tunnel du Gothard. Faisant état d'appréhensions similaires, la Chambre valaisanne de l'industrie et du commerce a demandé que le Simplon (VS) ainsi que le Grand-St Bernard (VS) soient exemptés de taxes pour les transporteurs locaux. La Chambre du commerce grisonne a demandé, pour sa part, une exemption pour les transporteurs du canton, arguant qu'il était inéquitable de les soumettre à une telle taxe alors que le canton ne bénéficie d'aucune alternative ferroviaire intéressante pour le trafic nord-sud [3].

Les auteurs de l'initiative ont fait écho à ces critiques, affirmant que la TTA ne correspondait ni à la lettre ni même à l'esprit du texte adopté en 1994 par le souverain, lequel ne visait que le trafic de transit. Ils ont déclaré en outre que la solution consistant à placer, à l'intérieur des camion, des appareils électroniques enregistrant tout transport de transit était plus conforme aux buts de l'initiative des Alpes que le système de péage indifférencié retenu par le gouvernement [4].

Le Conseil national s'est prononcé durant sa session d'octobre sur une initiative parlementaire du démocrate-chrétien valaisan Schmidhalter demandant qu'une nouvelle votation populaire sur le transit alpin soit mise sur pied afin d'annuler le vote de 1994. Selon l'initiant, un nouvel article constitutionnel était nécessaire afin d'apporter une solution aux graves problèmes engendrés par l'initiative des Alpes. Aussi, la nouvelle disposition constitutionnelle n'interdirait plus l'amélioration indispensable de certaines routes de transit existantes - permettant par exemple la construction d'une seconde galerie au Gothard. Elle veillerait également à éviter toute discrimination des routiers européens. A une large majorité et suivant l'avis de sa commission, la majorité de la Chambre du peuple a rejeté cette initiative. Elle a en effet estimé que soumettre au peuple une nouvelle initiative sur le transit alpin à un intervalle si bref exprimerait un manque de respect de la volonté populaire qui serait très mal perçu en ces temps de défiance envers les autorités politiques. Elle a en outre souligné qu'une des motivations de la proposition du député valaisan n'avait plus lieu d'être, puisque les tensions entre la Confédération et l'Union européenne résultant de l'initiative des Alpes étaient quelque peu retombées suite aux garanties présentées en 1994 par le Conseil fédéral au sujet de la non discrimination des camions européens.