A l'instar du Conseil des Etats, le Conseil national a adopté la révision de la loi sur les chemins de fer visant à réduire les inégalités de traitement entre les CFF et les entreprises de transports concessionnaires (ETC) ainsi qu'à responsabiliser à l'avenir plus les cantons. De nombreux orateurs ont néanmoins exprimé leurs craintes que le gouvernement ne veuille, par cette révision, transférer aux cantons des charges financières plus importantes. La principale divergence avec la petite Chambre a concerné la question de l'instance compétente pour trancher les litiges entre les cantons et la Confédération au sujet des prestations qu'ils seront amenés à fournir conjointement. Le Conseil national n'a en effet pas suivi la Chambre haute qui voulait instituer une commission paritaire, au sein de laquelle des représentants de la Confédération et des cantons auraient siégé. Il a préféré s'en tenir au projet du gouvernement qui prévoit que le DFTCE soit seul compétent. En seconde lecture, le Conseil des Etats s'est rallié à la position de la grande Chambre [43].