Le DFTCE a présenté de nouvelles propositions concernant la réforme de la régie fédérale. Ainsi, il a envisagé de séparer complètement le secteur de l'infrastructure de celui de l'exploitation. Seul ce dernier reviendrait aux CFF alors que le secteur de l'infrastructure relèverait de la compétence d'un nouvel office ad hoc. De plus, conformément aux exigences de l'Union européenne, des compagnies privées indigènes ou étrangères pourraient également avoir accès à l'infrastructure ferroviaire helvétique. Enfin, les CFF seraient transformés en une société anonyme de droit public et le statut de fonctionnaire aboli afin d'accroître l'autonomie et la flexibilité de l'entreprise.

Ces propositions de réforme - beaucoup plus ambitieuses que celles faites en 1994 par le gouvernement - ont été vivement critiquées par la direction des CFF ainsi que par la Fédération des cheminots (SEV). Acceptant le principe d'une différenciation accrue de l'exploitation et de l'infrastructure, la direction s'est en revanche déclarée opposée à une séparation complète de ces deux secteurs qui, selon elle, ne pourrait mener qu'à des dysfonctionnements importants eu égard à leur forte imbrication. Une telle mesure induirait par ailleurs une diffusion néfaste des responsabilités. Faisant écho à ces critiques, le syndicat des cheminots a en outre répété son opposition à une privatisation même partielle de la régie, estimant qu'une telle réforme n'apporterait aucune amélioration au niveau des prestations et ne se ferait qu'au détriment du personnel.

Devant cette opposition très vive, le Conseil fédéral a présenté les grandes lignes d'un projet corrigé qu'il devrait soumettre au parlement en 1996. Si le gouvernement entend encore séparer les secteurs de l'exploitation et de l'infrastructure, ces derniers ne seraient distincts que d'un point de vue organisationnel et seraient chapeautés par un toit commun sous la forme probablement d'un holding chargé de leur coordination. Le Conseil fédéral n'a néanmoins pas exclu que, dans un deuxième temps, ces deux secteurs soient totalement disjoints. Concernant l'accès pour les compagnies ferroviaires privées aux infrastructures étatiques, celui-ci serait strictement réglementé, la régie fédérale gardant la priorité. Enfin, le statut juridique des CFF devrait être transformé soit sous la forme d'une société anonyme de droit public, soit sous celle d'un établissement de droit public doté de la personnalité juridique [69].

Première dans l'histoire des chemins de fer helvétiques, l'exploitation de la ligne entre Schaffhouse et Rorschach (SG) - jusqu'alors propriété des CFF - pourrait passer en mains privées. En effet, la Mittelthurgaubahn, forte du soutien des cantons concernés, a proposé de reprendre l'exploitation de cette ligne quelque peu délaissée par la régie fédérale. Les CFF ont proposé un contre-projet, craignant que cette privatisation ne constitue un précédent. Le Conseil fédéral devrait rendre sa décision en 1996 [70].