A l'instar de la Chambre haute en juin 1994, le Conseil national a, à son tour, entamé l'examen de la révision de la loi sur la protection de l'environnement (LPE), non sans avoir au préalable rejeté par 143 voix contre 11 une proposition de renvoi Scherrer Jürg (pdl, BE) demandant que le Conseil fédéral élabore un nouveau projet prenant davantage en compte les intérêts des milieux économiques. Cette quasi-unanimité sur l'intérêt du projet proposé par le gouvernement n'a toutefois pas tardé à contraster avec les divergences de vue que certaines dispositions de la loi ont soulevées entre les partis bourgeois d'une part, et la gauche et les écologistes, d'autre part. L'une des principales pierres d'achoppement du projet fut sans conteste la réglementation relative aux organismes génétiquement modifiés au sujet de laquelle deux conceptions se sont heurtées: alors que le PS, le PES et l'AdI souhaitaient interdire l'exploitation du génie génétique tout en prévoyant d'autoriser certaines exceptions, le PRD, le PDC, l'UDC et le PLS - favorables au projet du Conseil fédéral qui se contente de légiférer contre les éventuels abus en la matière - parvinrent à emporter l'adhésion de la majorité des députés. Le Conseil national devait par ailleurs transmettre la motion de la Commission de l'environnement, de l'aménagement du territoire et de l'énergie sur la dignité de la créature. Cette dernière charge le gouvernement de présenter au plus tard dans les trois ans un message sur la mise en oeuvre législative de l'article 24novies de la Constitution fédérale qui donne la compétence à la Confédération d'édicter notamment des prescriptions concernant l'utilisation du patrimoine germinal et génétique de plantes, d'animaux et d'autres organismes [16].

Poursuivant son examen de la LPE, la Chambre du peuple s'est ensuite penchée sur les dispositions relatives à la gestion des déchets et à la protection des sols. En se prononçant notamment pour la suppression des compétences que le projet de loi octroyait à la Confédération dans les domaines de l'assainissement des décharges contrôlées et autres sites pollués, d'une part, ainsi que des moyens de lutte contre l'érosion et le compactage des sols, d'autre part, la majorité des députés manifestait clairement sa volonté de laisser l'entier des prérogatives en la matière aux cantons. Cette optique fédéraliste, qui aurait sans doute conduit à la mise sur pied de vingt-six législations différentes, n'a toutefois pas été retenue dans la version finale de la loi, suite à l'opposition de la Chambre haute. Le débat fleuve sur la révision de la LPE au sein du Conseil national s'est en outre concentré sur l'introduction de taxes d'incitation, principale innovation consacrée par le projet de loi. Sur ce point, la Chambre du peuple a suivi la voie tracée par le Conseil des Etats puisqu'il a adopté les conditions-cadres régissant le prélèvement de telles taxes sur les composés organiques volatils (COV) et les huiles de chauffage extra-légères, tout en renonçant dans l'immédiat à utiliser ces instruments dans l'agriculture. Le Conseil national a néanmoins transmis une motion de la Commission de l'environnement, de l'aménagement du territoire et de l'énergie (Ceate) du Conseil des Etats prévoyant d'introduire, d'ici cinq ans, des taxes d'incitation sur les engrais minéraux, les excédents d'engrais de ferme et de produits pour le traitement des plantes au cas où les instruments actuels de politique environnementale et de politique agricole ne permettraient pas d'atteindre les objectifs fixés.

Evoquée en 1994 par la Ceate du Conseil national, l'introduction éventuelle de valeurs d'alarme en matière de protection de l'air devait également retenir l'attention des parlementaires, puisqu'une forte minorité bourgeoise de la commission proposa de fixer de telles valeurs en cas de forte concentration d'ozone. Le dépassement de celles-ci aurait alors permis l'adoption de mesures urgentes par les pouvoirs publics. Souhaitées à un niveau nettement plus élevé que les valeurs-limites consacrées jusqu'alors dans la LPE, ces valeurs d'alarme n'ont toutefois pas trouvé grâce auprès des députés du National. Enfin, l'article prescrivant à la Confédération de collaborer avec l'économie pour la mise en oeuvre de la LPE - introduit en première lecture par le Conseil des Etats - a été retenu et élargi aux cantons [17].

La procédure d'élimination des divergences entre les deux Chambres devait retenir l'attention du parlement jusqu'à la session d'hiver durant laquelle l'ensemble des dispositions du projet a été communément adopté. La nouvelle LPE pourrait entrer en vigueur dès la mi-1996 [18].