Après que le Conseil national eut maintenu, fin 1994, la dernière divergence avec la Chambre haute en ce qui concerne le moment auquel le droit de recours des organisations de protection de l'environnement et des communes doit être exercé, une conférence de conciliation s'est tenue au mois de février. Souhaitant introduire une précision à la solution retenue en septembre 1994 par le Conseil des Etats, celle-ci a alors adopté une disposition stipulant que lorsque le droit fédéral ou cantonal prévoit une procédure d'opposition antérieure à la prise de décision, les communes et les organisations n'ont qualité pour recourir que si elles sont intervenues dans la procédure d'opposition au titre de partie. Plus concrètement, cette disposition a pour effet que les communes et les organisations ne devront participer à la procédure préalable que lorsque le droit fédéral ou cantonal le prévoira. Se ralliant à la solution élaborée par la conférence de conciliation, les Chambres fédérales ont réglé le dernier point qui empêchait l'adoption de l'ensemble de la révision de la loi sur la protection de la nature et du paysage dont l'entrée en vigueur a été fixée au 1er février 1996 [50].

La révision de la LPN sous toit, le Conseil fédéral a lancé un appel aux organisations de protection de l'environnement pour qu'elles s'annoncent en vue de bénéficier du droit de recours. Pour la première fois ont qualité pour recourir les organisations d'importance nationale à but non lucratif qui existent depuis dix ans au moins et qui se vouent à la protection de la nature, du paysage, à la conservation des monuments historiques ou à des tâches semblables. Celles-ci figureront dans une liste établie et publiée par le Conseil fédéral [51].