Als Kompensation für die Aufhebung des Nacht- und Sonntagsarbeitsverbots der Frauen in der Industrie, welche als Folge der Aufkündigung der diesbezüglichen ILO-Vereinbarung möglich geworden war, hatte der Bundesrat für die Arbeitnehmerinnen und Arbeitnehmer sämtlicher Wirtschaftszweige bei regelmässigen Arbeitsleistungen an Sonn- und Feiertagen sowie zwischen 23 Uhr nachts und 6 Uhr morgens einen Zeitzuschlag von zehn Prozent vorgeschlagen. Dem Nationalrat lag zu Beginn der Beratungen je ein Rückweisungs- bzw. ein Aussetzungsantrag von rot-grüner Seite vor mit dem Inhalt, diese Vorlage dem Parlament erst zusammen mit dem definitiv bereinigten Gleichstellungsgesetz und dem Vorschlag zur Mutterschaftsversicherung vorzulegen, da nur mit der Verabschiedung dieser Gesetzesvorlagen die Gleichberechtigung der Frauen in der Arbeitswelt einigermassen abgesichert wäre. Die grosse Kammer lehnte dies jedoch recht deutlich ab und weichte die Vorschläge des Bundesrates sogar noch weiter auf, indem sie entschied, dass die Kompensation für Nacht- und Sonntagsarbeit wahlweise aus einem zehnprozentigen Zeitzuschlag oder einem Lohnzuschlag von 50% für die Sonntags- und 25% für die Nachtarbeit bestehen soll, wobei sie für Arbeitnehmer mit Familienpflichten den Zeitzuschlag zwingend vorsehen wollte. Sie schuf ebenfalls die Möglichkeit zu einer Ausweitung der Ladenöffnungszeiten und bestimmte, dass Verkaufsgeschäfte künftig an jährlich höchstens sechs Sonn- oder Feiertagen Arbeitnehmerinnen und Arbeitnehmer beschäftigen können, falls die kantonalen Vorschriften über den Ladenschluss dies gestatten [25].

Der Ständerat ging noch weiter im Abbau der Arbeitnehmerschutzbestimmungen. Er argumentierte, die Vorlage sei den wirtschaftlichen Realitäten nicht angemessen und für Gastgewerbe und Hotellerie, wo traditionell viel Nacht- und Sonntagsarbeit geleistet wird, untragbar, weshalb er sämtliche Zeit- oder Lohnzuschläge im Gesetz strich und auf allfällige Regelungen im Rahmen der Gesamtarbeitsverträge verwies. Gegen einen Minderheitsantrag Simmen (cvp, SO) wurde auch der Lockerung der Ladenöffnungszeiten zugestimmt [26].

Die Differenzbereinigung war das erste Sachgeschäft der neuen Legislatur im Nationalrat. Auf der Suche nach einem Kompromiss schlug die Mehrheit der Kommission vor, dass lediglich die Nachtarbeit im Gesetz geregelt werden und dabei nur dann ein zehnprozentiger Zeitzuschlag garantiert werden soll, wenn für die betroffenen Beschäftigten kein Gesamtarbeitsvertrag Kompensationsregelungen vorsieht. Die Sozialpartner wären also weiterhin frei, den Ausgleich für die regelmässig geleistete Nachtarbeit im Gesamtarbeitsvertrag nach ihrem Gutdünken auszuhandeln - in Form eines Lohnzuschlags oder von Freizeit. Dieser Kompromiss passierte allerdings nur mit der äusserst knappen Mehrheit von 94 zu 92 Stimmen. Wie der Ständerat verzichtete auch der Nationalrat auf einen gesetzlich vorgeschriebenen Ausgleich für die Sonntagsarbeit [27].

Entgegen den Empfehlungen ihrer Kommission und des Bundesrates beharrte die kleine Kammer aber mit 23 zu 16 Stimmen weiterhin auf ihrem Entscheid, zugunsten völliger Vertragsfreiheit jegliche Kompensationsvorschrift aus dem Gesetz zu streichen. Dem nationalrätlichen Kompromissvorschlag gegenüber wurden neben wirtschaftlichen auch juristische Bedenken ins Feld geführt, da mit der Version des Nationalrates nicht in allen Fällen klar wäre, ob nun die Regelung des Gesamtarbeitsvertrages zur Anwendung komme oder das Gesetz. Diesen Bedenken wollte ein Antrag Onken (sp, TG) Rechnung tragen. Gemäss diesem Vorschlag sollte das Gesetz zwar zwingend einen zehnprozentigen Zeitzuschlag vorsehen, allerdings mit dem Zusatz, dass eine vertragliche Bestimmung, welche den Gesundheitsschutz der Arbeitnehmenden gleichwertig regelt, ebenfalls zulässig ist. Dieser Antrag wurde mit 28 zu sechs Stimmen deutlich abgelehnt [28].

Der Schweizerische Gewerkschaftsbund kündigte darauf seine Absicht an, unabhängig davon, welcher Vorschlag in der Differenzbereinigung obsiegen wird, gegen die Gesetzesänderung das Referendum zu ergreifen, da mit diesen Bestimmungen von einer eigentlich zum Schutz aller Arbeitnehmer gedachten Revision nur noch die Deregulierungsmassnahmen übrigblieben [29].