Conformément à ce qu'il avait annoncé en 1994, le Conseil fédéral a recommandé, sans opposer de contre-projet, le rejet de l'initiative "pour la protection de la vie et de l'environnement contre les manipulations génétiques" déposée en 1993 par le Groupe suisse de travail sur le génie génétique. Le gouvernement a en effet estimé que l'acceptation par le peuple et les cantons de cette initiative aurait des conséquences négatives pour la recherche fondamentale et appliquée helvétique. Selon le Conseil fédéral, cette initiative signifierait l'interdiction quasi totale de la production, de l'achat, de la remise ainsi que du brevetage d'animaux et de plantes modifiés génétiquement. Il a en outre estimé que la norme constitutionnelle sur le génie génétique ainsi que la législation existante en la matière étaient amplement suffisants pour combattre les abus dans le domaine des manipulations génétiques. La commission du Conseil national a renoncé, de son côté, à se prononcer immédiatement sur cette initiative. Prenant au sérieux les appréhensions exprimées par les initiants, elle a en effet préféré charger une sous-commission d'élaborer un contre-projet. Les milieux de la chimie, par la voix notamment de la Société suisse des industries chimiques, ont quant à eux entamé une campagne d'information sur ce qu'ils estiment être les graves dangers de cette initiative pour l'industrie chimique helvétique [46].