Nach dem Bundesrat und dem Ständerat erklärte auch der Nationalrat die Asylinitiative der Schweizer Demokraten wegen Verstoss gegen zwingendes Völkerrecht für ungültig. Neben der SD hatte sich auch die FP und LdU/EVP-Fraktion sowie eine Mehrheit der SVP für die Gültigkeit ausgesprochen (die beiden letztgenannten plädierten für Gültigkeit, aber Ablehnung). Die Grünen und einige Vertreter der SP beantragten erfolglos, den völkerrechtswidrigen Artikel (unbedingte Rückschaffung) zu streichen und sie - mit einer Ablehnungsempfehlung versehen - für gültig zu erklären. In der Gesamtabstimmung setzte sich die Ungültigkeitserklärung mit 133 zu 33 Stimmen durch, wobei sich 20 Nationalräte, vor allem aus der SP und der GP, der Stimme enthielten [45].

Die damit erfolgte Ungültigerklärung zweier Volksinitiativen durch die Bundesversammlung innerhalb nur eines Jahres löste ein gewisses Unbehagen darüber aus, dass eine solche Annullierung erst nach der erfolgreichen Unterschriftensammlung erfolgt. Anlässlich der Beratung der Teilrevision des Gesetzes über die politischen Rechte beschloss der Ständerat deshalb auf Antrag seiner Kommission, dass bei der Lancierung einer Volksinitiative durch die Bundeskanzlei eine - allerdings unverbindliche - materielle Vorprüfung der Gültigkeit durchzuführen sei. Der Nationalrat strich diese Bestimmung wieder. Da grosse Wahrscheinlichkeit bestehe, dass es zu sich widersprechenden Entscheiden der Bundeskanzlei und des Parlaments kommen könnte, hielt er diese Lösung für nicht praktikabel [46].

In der Botschaft zur Totalrevision der Bundesverfassung machte auch der Bundesrat Vorschläge zu diesem Thema. Er beantragte, dass in Zukunft die Bundesversammlung zwar eine Volksinitiative für ungültig erklären kann, dass der definitive Entscheid darüber aber vom Bundesgericht getroffen wird [47].