L'année 1996 - durant laquelle la Suisse s'est vue confier la présidence de l'Organisation pour la sécurité et la coopération en Europe - a fourni l'occasion à la diplomatie helvétique de jouer un rôle de premier plan sur la scène internationale, puisque c'est sous l'égide de l'OSCE qu'ont été organisées et que se sont déroulées les premières élections présidentielles et législatives de l'après-guerre en Bosnie-Herzégovine. Bien que l'Accord de paix conclu à Dayton en 1995 stipule que ces élections devaient avoir lieu durant la période comprise entre la mi-juin et la mi-septembre, Flavio Cotti n'a néanmoins pas exclu d'emblée un éventuel report de ce délai-butoir au cas où les conditions requises pour un déroulement satisfaisant de ce processus démocratique ("élections libres, équitables et démocratiques") n'auraient pas été remplies. Par cette attitude déterminée, le chef du DFAE a fait preuve d'une autorité certaine en freinant les ardeurs de la diplomatie américaine qui souhaitait que ces élections aient lieu le plus tôt possible pour des motifs ayant trait au calendrier électoral américain. Au terme d'un examen pragmatique de la situation, et suite aux recommandations que le chef de mission de l'OSCE à Sarajevo - le diplomate américain Robert Frowick - adressa à Flavio Cotti, la date de déroulement des élections fut finalement arrêtée au 14 septembre, ultime délai fixé à Dayton. Au vu des conditions démocratiques minimales dans lesquelles devait se dérouler cette consultation, les quelque 1000 superviseurs et 2000 observateurs internationaux chargés de surveiller le scrutin ne purent empêcher la survenance de certaines irrégularités dont le nombre fut néanmoins jugé acceptable compte tenu de la logique de division qui prévalait alors en Bosnie. En conséquence, l'OSCE a fait connaître sa décision de valider les résultats sortis des urnes. A l'heure du bilan de cette année de présidence, l'ensemble des observateurs se sont accordés à reconnaître le mérite du chef du DFAE dans la conduite des affaires qui lui incombaient de par sa position à la tête de l'OSCE. Celui-ci s'est quant à lui réjoui du rôle grandissant acquis par l'organisation paneuropéenne au cours de ces deux dernières années [24].

Parallèlement à la supervision des élections en Bosnie et conformément au mandat défini dans l'Accord de Dayton, l'OSCE a par ailleurs joué un rôle important en matière de respect des droits de l'homme dans ce pays. En charge du dossier en tant que médiatrice pour le compte de l'OSCE, la Suissesse Gret Haller a débuté ses fonctions dans le courant du mois de mars. Secondée par la Chambre des droits de l'homme, l'ex-ambassadrice de la Suisse auprès du Conseil de l'Europe s'est vue confier la tâche d'examiner les plaintes qui lui seront adressées dans ce domaine et d'intervenir auprès des autorités impliquées. Hormis ces succès rencontrés par la diplomatie helvétique en Bosnie est venu s'ajouter celui de la mission de médiation de l'OSCE en Tchétchénie: placée sous la direction du diplomate suisse Tim Guldimann, celle-ci a en effet largement contribué à la pacification du conflit opposant les indépendantistes tchétchènes à la Fédération russe.

En qualité de présidente en exercice de l'OSCE, la Confédération a en outre eu pour tâche de rédiger un rapport portant sur l'élaboration d'un modèle de sécurité européen pour le XXIe siècle. Ce document - fruit du travail du DFAE - a servi de base de discussion aux 54 pays membres de l'organisation lors du sommet des chefs d'Etat et de gouvernement de l'OSCE qui s'est tenu début décembre à Lisbonne. En grande partie dominés par le désaccord entre Américains et Russes sur l'élargissement de l'OTAN à l'Europe centrale, les pourparlers concernant cette nouvelle architecture sécuritaire pour le Vieux Continent n'ont dès lors conduit qu'à l'adoption de principes généraux, dont ceux de liberté, de respect du droit et de coopération [26].

Le projet du Conseil fédéral relatif à l'envoi éventuel d'un contingent de quelque 150 bérets bleus en Bosnie-Herzégovine en vue de fournir un soutien logistique (troupes sanitaires, du génie et de sauvetage) aux troupes de l'IFOR a été brusquement abandonné. Le motif invoqué à l'appui de ce renoncement a été celui d'une incompatibilité entre la loi sur l'armée - qui, neutralité oblige, interdit aux autorités fédérales d'envoyer des troupes suisses armées à l'étranger - et les conditions fixées par l'OTAN aux termes desquelles les effectifs engagés dans des opérations de maintien de la paix sur le territoire bosniaque se doivent d'assurer leur propre protection. En lieu et place de bérets bleus, le gouvernement a alors immédiatement proposé de mettre à la disposition de l'OSCE un contingent d'environ 75 volontaires non armés pour sa mission en ex-Yougoslavie. Composé d'hommes et de femmes aisément reconnaissables à leur béret jaune, ce détachement de militaires a apporté à partir de la fin du mois de mars un appui logistique dans des domaines aussi divers que le transport aérien, l'entretien des véhicules, les consultations médicales, le ravitaillement en matériel et la distribution du courrier. Suite à une requête expresse de l'OSCE, la durée de l'engagement des bérets jaunes en Bosnie a été prolongée jusqu'à la fin de l'année 1997 par le Conseil fédéral [27].