Désigné tant par l'enquête administrative de R. Bacher que par celle parlementaire comme principal responsable des graves défaillances constatées dans l'affaire Nyffenegger (voir supra), le chef de l'état-major général, A. Liener, a annoncé sa démission pour le 31 décembre 1997. Le chef de l'armée a souligné qu'il tenait ainsi à assumer la responsabilité pour les fautes qui lui étaient reprochées. Au sujet de la date relativement éloignée fixée pour son départ, le chef de l'état-major général a par ailleurs affirmé qu'il avait décidé d'occuper son poste encore une année afin de garantir la continuité des mesures de sécurité prises dans le but de limiter les dommages causés lors de la réalisation du CD-Rom. A. Liener a également mentionné que le chef des Forces terrestres était sur le point de prendre sa retraite et qu'un départ conjoint de deux des trois plus hauts gradés de l'armée aurait risqué de compromettre les différentes réformes en cours [22].

Le Conseil fédéral a nommé l'actuel chancelier du canton d'Argovie, J. F. Gut, pour succéder à H.-U. Ernst au poste de secrétaire général du DMF. Pour parer au départ à la retraite fin 1996 du commandant de corps J.-R. Christen, il a également promu le brigadier fribourgeois Jacques Dousse à la tête des Forces terrestres. Le nouveau chef de l'armée de terre est le premier officier à passer directement du grade de brigadier à cette fonction sans passer par le rang de divisionnaire. A 48 ans, il est également le plus jeune chef de l'instruction jamais nommé [23].