La législation d'application de la loi sur le service civil est entrée en vigueur au mois d'octobre. Le gouvernement a notamment créé deux commissions qui seront rattachées à l'OFIAMT. La première - composée d'une soixantaine de personnes et présidée par l'ancien conseiller national Keller (pdc, AG) - est chargée d'évaluer l'authenticité des motivations des candidats au service civil. La seconde - composée de 11 personnes représentant le monde économique ainsi que les autorités cantonales responsables du marché du travail - doit pour sa part désigner les établissements désirant accueillir les objecteurs de conscience. Elle devra également veiller à ce que l'introduction de la nouvelle loi ne pose pas des problèmes de concurrence déloyale sur le marché du travail, les objecteurs étant susceptibles d'occuper pour un moindre coût des postes au détriment des personnes sans emploi. Au sujet du placement proprement dit des objecteurs, le gouvernement a décidé de confier cette tâche soit à des associations caritatives, soit même, dans certains cantons, au secteur privé. Cette dernière décision n'a pas manqué de susciter la réprobation du GSsA ainsi que des associations de défense des objecteurs, pour lesquels cette décision signifiait, après la criminalisation de l'objection des conscience, sa "commercialisation".

La législation d'exécution prévoit également que les personnes accomplissant un service civil seront indemnisées (indemnités repas et logement) à raison d'un montant maximal de 1000 francs par mois, ce afin que les "civilistes" soient traités de la même manière que les citoyens remplissant leur devoir militaire. Les associations employant des objecteurs devront pour leur part verser un certain montant à la Confédération afin de couvrir les frais administratifs ainsi que d'atténuer les risques d'interférence entre le service civil et le marché de l'emploi. Ces deux mesures ont suscité l'inquiétude des associations concernées; ces dernières, ou du moins les plus petites d'entre elles, ont estimé qu'elles ne seront pas en mesure financièrement d'engager des objecteurs. Le gouvernement a prévu de verser une aide aux associations éprouvant de telles difficultés. Pour des raisons budgétaires, celle-ci sera cependant limitée aux associations actives dans le domaine de l'environnement.

Enfin, au sujet des domaines d'activité dans lesquels le service civil pourra être effectué, l'ordonnance mentionne notamment la santé, le social, la protection de l'environnement et des biens culturels, la coopération au développement, l'aide humanitaire et l'aide en cas de catastrophe [48].