Le Conseil fédéral a poursuivi sa politique tendant, d'une part, à rapprocher les prix des produits agricoles de ceux du marché et visant, d'autre part, à lier l'octroi de l'aide publique au respect de normes environnementales. Au sujet des prix administrés de la production agricole, il a en effet notamment décidé de baisser à nouveau les prix des betteraves et des céréales. En ce qui concerne les paiements directs, le gouvernement a décidé d'augmenter de 299 millions de francs les crédits y relatifs. De cette somme, 209 millions de francs (total: 540 millions) seront alloués aux paiements directs pour prestations écologiques. Seuls les 90 millions de francs restants (total: 890 millions) seront versés aux paysans à titre de paiements directs complémentaires, ce principalement afin de venir en aide aux producteurs touchés par la crise de la vache folle. L'exécutif a par ailleurs précisé que le montant de ce type de contributions augmentera encore en 1997 et 1998, respectivement de 60 et 30 millions de francs. En revanche, dès 1999, les paiements directs complémentaires seront plafonnés, puis progressivement convertis en paiements directs pour prestations écologiques.

Réagissant très vivement aux décisions du gouvernement, l'USP - qui avait exigé 550 millions de francs supplémentaires - a estimé que les autorités lâchaient le monde agricole. Relevant que le montant octroyé suffisait juste à compenser la baisse des prix du lait et des céréales, les leaders paysans ont également dénoncé le fait que seules les grosses exploitations pratiquant une production extensive - à savoir une exploitation sur deux - pourraient s'en sortir. Enfin, l'organisation faîtière paysanne a affirmé que face à une telle politique, elle ne pourrait sans doute plus répondre de sa base tentée par le recours à des actions illégales.

Faisant part de ses revendications pour l'année 1997, l'USP a demandé que 160 millions de francs supplémentaires soient mis à disposition des paysans. L'organisation agricole a notamment exigé une augmentation de 90 millions de francs pour les paiements directs complémentaires et de 30 millions pour ceux liés à des prestations écologiques minimales. Le solde du montant exigé concerne principalement des crédits destinés à l'investissement et à l'aide directe aux exploitations [17].

Lors de la discussion sur le Budget 1997, le Conseil national a rejeté une proposition minoritaire rose-verte de la commission des finances exigeant que les limites de revenu et de fortune au-dessus desquelles le montant des paiements directs tend à diminuer soient abaissées. La majorité bourgeoise de la grande chambre a en effet estimé que la question de la limitation des paiements directs - certes pertinente - ne devait pas être traitée avec précipitation dans le cadre de l'approbation du budget, mais devait être examinée conjointement à l'ensemble de la problématique agricole. La grande chambre a en revanche transmis comme postulat une motion Baumann (pe, BE) invitant le gouvernement à prendre des mesures en matière de limitation et de clarification des paiements directs. Le motionnaire demande notamment de plafonner le montant des paiements directs versés à 67 000 francs par exploitation. La chambre du peuple a également adopté un postulat Wyss (udc, BE) chargeant le gouvernement d'étudier la possibilité d'allouer pour les juments d'élevage des primes de compensation d'un montant égal à celles versées aux chevaux aptes au service dans l'armée [18].

Le Conseil des Etats a pour sa part décidé de ne pas donner suite à une initiative du canton de Bâle-Campagne. Cette dernière demandait notamment d'augmenter les paiements directs pour prestations écologiques de sorte que les pertes occasionnées par la suppression des garanties de prix et de prise en charge soient intégralement compensées. Les sénateurs ont estimé que cette initiative n'avait plus sa raison d'être, le nouvel article constitutionnel et la nouvelle étape de la réforme de l'agriculture helvétique reprenant largement ses exigences [19].