Au mois de mars, suite aux déclarations du ministre britannique de la santé sur la vraisemblable transmission à l'homme de l'encéphalopathie spongiforme bovine (ESB ou maladie de la vache folle), la production bovine indigène a vu sa situation déjà précaire s'aggraver de manière très importante. En effet, la Suisse étant le second pays où, loin derrière la Grande-Bretagne, l'ESB est la plus répandue, la vaste polémique déclenchée par la révélation du caractère probablement contagieux de l'ESB a poussé nombre de consommateurs (30%) à se détourner de la viande de boeuf. A cette réaction de la clientèle s'est en outre ajoutée la décision de l'Allemagne et de l'Autriche d'étendre à la production helvétique l'embargo affectant le boeuf britannique [25].

Réagissant à une situation qui devenait de plus en plus préoccupante, le Conseil fédéral a pris, dans les jours qui suivirent le début de la crise, des mesures d'urgence afin de venir en aide aux producteurs et de rassurer les consommateurs. Pour soulager les premiers et faire remonter les prix sur le marché bovin, il a notamment débloqué quelque 20 millions de francs - dont la moitié à fonds perdu - destinés au rachat et au stockage de 6900 têtes de bétail. S'adressant aux consommateurs, le gouvernement a décidé d'interdire toute importation de boeuf britannique et d'exiger des commerçants et des restaurateurs la mention de la provenance de leurs marchandises. Rappelant notamment que l'affouragement des bovins indigènes par le biais de farine animale - principal vecteur suspecté de la maladie - avait été interdit en 1990 dès les premiers soupçons quant à l'éventuelle transmission de la maladie à l'homme, l'exécutif a également déclaré que le boeuf helvétique pouvait être considéré comme absolument sûr. Enfin, au sujet de l'embargo allemand et autrichien contre la production indigène, le Conseil fédéral a souligné que la décision de ces deux pays était non pas motivée par des considérations de santé publique, mais par une volonté économique et politique de protéger leur propre production, l'exécutif ajoutant que la Commission européenne avait sommé l'Allemagne et l'Autriche de revenir sur leur décision [26].

Au mois d'août, alors que la situation s'était quelque peu améliorée notamment sur le plan de la consommation, l'interdiction par l'Italie de toute importation de vaches helvétiques contribua à rehausser notablement la tension sur le marché bovin [27]. La péninsule absorbant le 80% des exportations helvétiques, cette décision entraîna une nouvelle chute des prix portant à plus de 50% la baisse en six mois du prix payé au producteur (perte totale: 190 millions de francs). Face à cette dégradation de la situation et en réponse au monde paysan qui exigeait des aides financières similaires à celles décidées au printemps ainsi que des mesures plus actives pour lutter contre l'ESB, le gouvernement a élaboré un vaste plan d'abattage des bovidés susceptibles d'être affectés par la maladie de la vache folle. Au total, pas moins de 230 000 têtes de bétail - soit l'ensemble des animaux nés avant 1990, date de l'interdiction de la farine animale - devaient être éliminées sur deux ans et demi et transformées en farine de viande. Cette dernière aurait été en grande partie exportée et destinée à l'alimentation de porcidés et de volaille. Défendant son projet, l'exécutif a souligné que celui-ci poursuivait essentiellement trois objectifs. En premier lieu, il s'agissait d'éradiquer définitivement l'ESB du cheptel helvétique. Le second but visé était de rétablir la confiance du consommateur ainsi que celle des pays ayant imposé un embargo à la production indigène, ce que toutes les mesures sanitaires et les campagnes d'information précédentes n'avaient réussi à faire. Enfin, le Conseil fédéral désirait ainsi assainir le marché bovin, ce dernier souffrant de manière endémique de surproduction. Le coût d'une telle opération était chiffré à 320 millions de francs, les frais s'élevant à 1400 francs par tête de bétail (1000 francs d'indemnité au producteur et 400 francs de frais d'abattage et d'élimination). Les fonds nécessaires devaient provenir de la caisse fédérale (260 millions de francs) ainsi que d'une retenue de deux centimes sur le prix du lait (60 millions) [28].

Réagissant au projet du gouvernement, les milieux paysans ont fait part de leur mécontentement face à de telles mesures. Si les dirigeants de l'USP ont salué la décision d'abattre 230 000 têtes de bétail, il n'en est pas allé de même de la base paysanne, choquée par l'ampleur du plan d'abattage. De plus et surtout, l'ensemble du monde paysan (USP comprise) a exprimé sa totale opposition à la baisse du prix du lait payé au producteur: selon les agriculteurs, il était en effet scandaleux de faire payer les agriculteurs, victimes d'une crise dont les seuls responsables étaient les fabricants d'aliments pour bétail ainsi que l'administration fédérale chargée de l'homologation de ces produits. Les associations de défense du consommateur et les distributeurs ont pour leur part dénoncé le gaspillage de l'argent du contribuable que le plan de l'exécutif impliquait. Ces milieux ont également relevé que cette mesure ne serait pas à même de rétablir la confiance du consommateur, la solution gouvernementale ne résolvant notamment pas le problème des cas de "vaches folles" nées après l'interdiction des farines animales [29].

Face aux multiples oppositions dont faisait l'objet le projet de l'exécutif, le Conseil des Etats a décidé de geler ce dernier, optant pour une solution radicalement différente proposée par la commission de l'économie et des redevances (CER). En effet, selon les termes de celle-ci, le critère principal retenu pour sélectionner les animaux à abattre n'est plus la date de naissance, mais l'appartenance à un troupeau affecté ou non par l'ESB. Ce qui signifie que ne seront éliminés que les bovins faisant partie d'un cheptel ayant connu un cas de vache folle. Plus exactement, on ne portera à l'abattoir que la partie du troupeau née avant 1990 si l'animal pathogène est lui-même né avant cette date et tout le troupeau si l'animal affecté par l'ESB est né après cette date. Conséquence principale de ce nouveau critère de sélection, le nombre de bêtes retirées du marché de la viande diminuera drastiquement: au lieu des 230 000 têtes de bétail, ce sont uniquement environ 2300 animaux qui seront éliminés et transformés en farine d'ici le milieu de l'année 1999.

Les sénateurs ont souligné que si le projet du Conseil fédéral était sur le fond peut-être préférable du point de vue de son efficacité pour lutter contre l'ESB, leur propre solution était plus judicieuse du point de vue de sa faisabilité politique, puisque davantage susceptible de recevoir l'appui de l'opinion publique et du parlement. La petite chambre a également fait valoir que dans la mesure où le nombre de têtes de bétail à abattre était réduit drastiquement, il était dès lors possible d'augmenter l'indemnité versée au producteur de 1000 à 3550 francs tout en ménageant les finances fédérales, la dépense totale passant de 320 millions à 8 millions de francs. L'impact financier nettement moindre permettrait de plus de renoncer à la baisse de 2 centimes du prix du lait payé au producteur, mesure qui était en grande partie à l'origine de la colère paysanne. Les sénateurs ont également souligné que ce plan d'abattage avait la faveur des pays étrangers et qu'il était par conséquent plus à même de permettre la levée de l'embargo affectant le cheptel helvétique. Enfin, eu égard aux cas d'animaux affectés par l'ESB et pourtant nés après l'interdiction des farines animales, il fut relevé que ce nouveau plan était mieux ciblé puisqu'il permettait d'atteindre cette catégorie d'animaux.

Au Conseil national, les mesures décidées par la petite chambre furent entérinées. A l'instar des sénateurs, les conseillers nationaux ont été sensibles à la situation dramatique que vivaient de nombreux paysans ainsi qu'aux retombées financières pour la caisse fédérale. Par ailleurs, conformément à ce qu'avait décidé la petite chambre, le Conseil national a tenu à garder en réserve le plan d'abattage massif du gouvernement. Envisageant l'hypothèse où les effets escomptés ne se produiraient pas, il a estimé judicieux que le gouvernement puisse présenter à nouveau son projet au parlement.

Lors des débats au sein de la grande chambre, seuls les députés socialistes et écologistes se sont opposés au nouveau plan d'abattage ainsi, d'ailleurs, qu'à celui du gouvernement. Doutant fortement de l'efficacité des mesures proposées d'un point de vue sanitaire, l'aile rose-verte de la chambre du peuple estimait qu'en l'absence d'un test à même d'identifier les animaux malades, aucune solution ne permettrait à court terme d'éradiquer la maladie. Faisant valoir que seules des incitations à l'extensification de la production constituaient pour le moment une mesure raisonnable, les conseillers nationaux Hämmerle (ps, GR) et Baumann (pe, BE) ont par ailleurs proposé en vain de débloquer un montant de 28 millions de francs en faveur des producteurs qui se seraient convertis à l'élevage en plein air.

En fin d'année, l'Office fédéral vétérinaire (OFV) a pour sa part interdit l'importation de bovins, ovins et caprins provenant de pays où l'utilisation de protéines animales est autorisée dans l'alimentation des ruminants. L'OFV a également décidé de n'admettre l'importation de produits à base de viande que s'ils sont originaires de pays proscrivant l'utilisation de la cervelle, de la moelle épinière et de divers autres viscères de bovins âgés de plus de six mois dans la fabrication d'aliments. Principaux pays affectés par ces interdictions, l'Italie, l'Allemagne, la France, et l'Autriche ont fait part de leur incompréhension à leur sujet, estimant leur production hors de tout soupçon. Selon ces pays, les décisions helvétiques constituaient en fait des mesures de rétorsion prises pour répondre aux embargos frappant la production suisse [32].

Le Conseil national a par ailleurs eu à traiter un certain nombre de postulats et de motions liés à la crise de la vache folle. Il a ainsi transmis comme postulat une motion Keller (ds, BL) demandant au gouvernement d'interdire toute importation de viande de boeuf provenant de pays menacés par l'ESB. Il a fait de même avec un postulat de la commission de la sécurité sociale et de la santé publique invitant le gouvernement à examiner une interdiction générale de l'utilisation des déchets animaux dans l'alimentation animale. Enfin, la grande chambre a également transmis un postulat Meier (pe, ZH) et un postulat Eberhard (pdc, SZ). Le premier demande au Conseil fédéral de faire en sorte que les porcidés et la volaille puissent se nourrir de farine animale ne provenant pas de leurs congénères. Le second enjoint l'exécutif de prendre les mesures nécessaires afin que le recyclage des déchets carnés puisse continuer à être pratiqué, en toute sécurité, en raison de son utilité du point de vue du recyclage des ressources [33].