Chargé d'émettre dans le cadre de la réforme du gouvernement des propositions quant à la réorganisation possible des offices fédéraux responsables de la recherche scientifique, un groupe de travail a suggéré de regrouper au sein d'une seule structure l'ensemble des services concernés actuellement éparpillés dans cinq départements. Visant à mettre un terme à un enchevêtrement de structures peu propice à une politique cohérente et efficace en la matière, cette concentration pourrait prendre la forme d'un bureau de la recherche: à l'image du Bureau de l'intégration européenne, ce nouvel office relèverait de deux départements à la fois, en l'occurrence le DFI et le DFEP. A titre de scénario alternatif, le groupe de travail a proposé de concentrer les différentes structures dans le seul DFEP. Jouissant de la préférence de l'actuel secrétaire d'Etat H. Ursprung, cette solution permettrait de rapprocher notablement le monde de la recherche de celui de l'économie. Réagissant aux différentes propositions, les milieux scientifiques ont vivement critiqué cette dernière alternative, estimant qu'elle favoriserait dangereusement la recherche appliquée au détriment de la recherche fondamentale [12].

Dans de nombreux cantons (Vaud, Zurich et Fribourg), les lois relatives au fonctionnement et au statut des hautes écoles sont en voie de révision, voire même ont été révisées (Bâle, Berne et Neuchâtel). Relevant de la philosophie de la nouvelle gestion publique, les différentes réformes visent toutes à accroître l'autonomie des universités. Celles-ci jouiront d'une grande marge de manoeuvre sous plus d'un aspect. Dans le domaine financier, elles se verront attribuer des enveloppes budgétaires dont elles pourront disposer à leur guise pour réaliser certains objectifs fixés par les autorités politiques. Les hautes écoles devraient également bénéficier de plus de liberté sur le plan du fonctionnement interne ainsi que du point de vue de la politique d'engagement du personnel, à l'exception de la nomination des professeurs qui restera de la compétence des exécutifs cantonaux. Principaux bénéficiaires de ce transfert de compétences, les rectorats verront leur pouvoir de décision s'accroître substantiellement, et ce notamment au détriment du corps professoral. Les différentes réformes prévoient presque toutes la création d'organes de surveillance: équivalents académiques des conseils d'administration, ces nouvelles structures, composées de membres extérieurs à l'université, seront compétentes notamment pour définir les grandes lignes de développement de l'institution [13].

La cheffe du DFI a chargé un groupe de travail d'élaborer des propositions de révision de la loi sur l'aide aux universités. Selon les informations données par la presse, le groupe de réflexion serait partisan d'une approche radicalement nouvelle dans l'octroi des subventions aux différentes hautes écoles cantonales. En effet, le montant de l'aide fédérale ne dépendra plus simplement de critères quantitatifs reflétant le coût encouru par le canton (nombre d'étudiants, salaires du personnel, capacité financière du canton), mais également, voire uniquement, de la qualité des performances et des prestations fournies par la haute école. Le nombre de diplômes décernés, le nombre de publications produites ou encore la quantité de mandats de recherche obtenus de la part de tiers pourraient être autant d'indicateurs mesurant la performance des universités [14].