Le Conseil fédéral devant désigner en 1997 les écoles supérieures professionnelles qui recevront le label de haute école spécialisée (HES), de nombreux projets ont été déposés auprès de l'OFIAMT. Parmi les différentes candidatures, trois consacrent des collaborations intercantonales. En effet, la Suisse romande, la Suisse centrale et celle orientale (canton de Zurich compris) ont chacune proposé de regrouper, au sein de leur région respective, les différentes écoles supérieures professionnelles sous une seule organisation et direction. Cinq autres candidatures proviennent des cantons de Berne, Soleure, Bâle (BS/BL), Argovie et Tessin et intègrent, au sein de chaque canton respectif, les établissements concernés sous un seul organisme faîtier. Enfin, deux candidatures sont le fait d'écoles privées. En ce qui concerne les domaines d'enseignement et de recherche prévus, l'ensemble des projets comprend les matières mentionnées prioritairement par la loi: à savoir, les sciences techniques (ingénierie et architecture), l'économie, l'agriculture et les arts appliqués. Certains projets, essentiellement ceux alémaniques, envisagent cependant également de comprendre des formations dans les domaines social, médical, pédagogique et artistique (arts visuels et musique). Ces secteurs ne devraient pas recevoir d'aide de la part de la Confédération, du moins dans un premier temps [42].

Dans un rapport intermédiaire non publié sur les différentes candidatures, le Conseil suisse des HES - organe de la CDIP chargé de la coordination des futures universités des métiers - a dénoncé l'esprit de clocher qui présidait à leur élaboration. Selon le rapport, la plupart des projets - et notamment ceux de la Suisse nord-occidentale - ne seraient pas suffisamment coordonnés, cette situation conduisant à des surcapacités inquiétantes particulièrement en ingénierie et en architecture. De manière générale, les HES esquissées étaient plus des agglomérats d'établissements faiblement reliés les uns aux autres que des structures intégrant solidement les différentes entités. Outre ce problème structurel, le Conseil suisse des universités des métiers a également relevé que la place faite au sein de chaque projet à la recherche appliquée était trop peu importante. L'organisme de la CDIP a rappelé à ce sujet que le développement d'activités scientifiques était évidemment une condition indispensable pour que l'octroi du "label HES" ne soit pas qu'un simple "changement d'étiquette". Selon les termes du rapport, il fallait par ailleurs pousser plus loin la spécialisation des différents sites et viser à la création de véritables centres de compétences, certaines écoles devant à tout prix se résigner à céder certains domaines scientifiques. Enfin, les experts de la CDIP ont exigé que les différentes HES harmonisent les conditions d'entrée pour les étudiants, ce afin d'éviter que ces derniers ne se détournent de certains établissements au profit d'autres moins exigeants [43].

Le Conseil fédéral a pour sa part adopté la législation d'application relative à la nouvelle loi sur les HES. Selon l'ordonnance d'exécution, les détenteurs de maturité professionnelle pourront entreprendre, sans autres formalités, leur formation au sein des universités des métiers. Des candidats au bénéfice d'un certificat fédéral de capacité (ou d'une autre formation) pourront également être acceptés au sein des HES à condition de passer avec succès un examen d'entrée et d'être au bénéfice d'une expérience professionnelle d'une année dans la branche d'étude choisie. Par ailleurs, conformément aux voeux exprimés par la CDIP, l'ordonnance de l'exécutif prévoit que les détenteurs actuels de certificats d'écoles supérieures pourront obtenir dès l'an 2000 le titre délivré par les futures universités des métiers à condition d'être au bénéfice d'une expérience professionnelle d'au moins 5 ans ou d'avoir effectué un diplôme postgrade au sein d'une des HES [44].